新型农村合作医疗保险是现阶段我国农村居民的医疗保险制度。制度自实施以来,对降低农民看病负担和提高农民健康水平产生了十分重要的作用,而新农合基金管理是新农合制度实施过程中的重要内容,是整个制度的核心,能够保证制度运行平稳,是农民切实获得实惠的重要因素。新农合基金是否得到有效使用,关系到农民是否能通过获得医疗费用补偿来降低看病负担。评价基金使用绩效,找到绩效的影响因素,并采取针对性措施,能够提高基金使用效率,进一步完善新农合制度,降低农民因疾病导致家庭贫困的风险,减轻农民医疗负担,以逐步缩小城乡差距,维护社会和谐稳定。本文以准公共产品理论、医疗保险基金理论、投入产出理论为基础,通过查阅有关文献,构建了新农合基金运用绩效评价体系,该评价体系分为投入与产出两类,共11个指标。以雅安市雨城区2007-2015年新农合基金有关数据为基础,利用主成分分析法提取了两个综合指标,分别为农民受益程度、费用报销水平；然后运用因子分析法结合回归分析来计算获得基金运用绩效的综合得分,使用回归分析找到基金运用绩效的主要影响因素,由此以提出对策建议。结合雨城区新农合数据统计分析结果,结论显示,雨城区新农合制度自2007年实施以来,基金运用绩效水平整体呈先升后降的趋势,在整个基金运用过程中,存在基金筹资水平不高、农民获得补偿的比例与报销水平处于波动下降的状态、基金结余率较高且未达到国家要求水平等一系列问题,而回归分析结果显示,基金运用绩效的主要影响因素为基金使用比率、人均管理成本、财政补助占比,且影响程度依次递减。针对新农合基金运用存在的问题以及绩效的主要影响因素,为了进一步提高雨城区新农合基金运用绩效,研究认为可以从以下几个方面着手：适当提高农民参保财政补助比重,扩展基金筹资渠道；合理调整补偿方案,提高基金实际补偿水平；统一医疗保险经办管理机构,降低基金管理成本；加快医保制度的信启、化建设,建立异地即时结报的信息、平台。