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为了应对铁缺乏的环境,微生物体进化出了复杂的获取铁离子的机制。通常它们可以通过分泌产生一种叫铁载体(Siderophores)的小分子化合物,而这个过程一般是通过相关调节基因在低铁离子浓度条件下解除铁载体合成基因的阻遏而触发。合成的铁载体被释放到环境中,从而对Fe3+产生极强的螯合作用。这种包含铁离子的复合物通过相关的外膜蛋白识别系统和内膜的透性酶系统被运输至细胞内,然后在体内蛋白的作用下将铁离子释放出来。铁载体的合成往往需要多种蛋白的协同作用。
霍乱弧菌的铁载体-弧菌素(Vibriobactin)是一种非核糖体多肽(Nonribosome peptide),它的合成需要VibA,B,C,D,E,F,H等蛋白的共同作用。其中VibB是一种双功能蛋白:一方面它可以作为一种乙烯醚键水解酶(Vinyl-ether hydrolases)催化中间产物异分支酸(Isochorismate)的水解,就目前而言,isochorismatase活性中心的催化过程仍然不清楚;另一方面VibB还可以作为一种载体蛋白(Carrier protein,CP),在磷酸泛酰巯基乙胺转移酶VibD的激活作用下,转运DHB-,参与弧菌素(Vibriobactin)合成的最后环节。在VibD修饰VibB机理方面,关于活性中心水分子的作用机制以及参与催化的金属离子方面仍然存在着不同的看法,这些问题仍待进一步的实验证明。
本文主要工作就是通过获取VibB以及VibB-VibD复合物的晶体结构,来理解VibB的生化功能以及VibD对VibB的修饰机制。尽管并没有获得VibB-VibD复合物的晶体,但VibB的相关三维结构最终获得了解析,这其中包括VibB-ISC结构域以及VibB-ISC结构域与Isochorismate复合物结构的解析。通过VibB-ISC结构域及其底物复合物的三维结构分析,我们对isochorismatase活性中心的催化机制有了更加深入的了解,提出了新的观点,并用相关的实验进行了证实。