背景:昼夜节律是一种随日变化和季节性变化同步振荡的生物进程,受到内源性时钟基因和外源性环境变化的共同调控。褪黑激素（Melatonin,MT）是一种普遍而保守的吲哚类生物胺,广泛存在于脊椎动物和无脊椎动物体内。MT同时是一种生物体昼夜节律的指示和调控因子。尽管甲壳类动物的昼夜节律遵循日周期和季节周期,但对其调节机制的研究仍显不足,并且不同种类的差异性较大。目的:本研究阐述了中华绒螯蟹在自然光照条件下和人工授时不同光周期条件下眼柄组织和血淋巴中MT含量变化的昼夜节律,揭示中华绒螯蟹眼柄组织在转录水平昼夜差异性,为研究甲壳类动物的昼夜节律生理调控和分子机制奠定了基础。方法:本研究以中华绒螯蟹为研究对象,通过高效液相色谱法（HPLC）,对其在自然光照条件下和人工设置不同光周期条件下血淋巴和眼柄组织样品内MT的浓度变化进行测定。为了获得中华绒螯蟹眼柄组织更完整的生物学描述,我们通过Illumina Hi Seq4000平台高通量测序手段,对白天和夜晚的眼柄进行了转录组分析。结果:1.中华绒螯蟹血淋巴中MT浓度变化表现出明显的昼夜节律（p<0.05）,在16:00时(0.180±0.020μg·ml^-1)和24:00时(0.244±0.055μg·ml^-1)出现两个峰值,眼柄组织中MT浓度同样在16:00时(72.377±18.100μg·eyestalk^-1)和24:00时(98.756±30.271μg·eyestalk^-1)出现两个峰值,夜间峰值最高。2.中华绒螯蟹血淋巴和眼柄组织中MT含量的昼夜节律受外界光照刺激影响。与正常光周期对照组（12L:12D）相比,全光照（24L:0D）和全黑暗（0L:24D）组眼柄组织和血淋巴中MT的昼夜节律受到干扰。不同光周期处理引起的干扰随处理时间的延长而减弱。3.眼柄昼夜差异转录组数据共获得了47,092个unigenes,包括4771个差异表达基因（DEGs）。其中4269个DEGs在白天被上调,502个DEGs在晚上被上调。确定了5种可能参与蜕皮的DEGs,包括蜕皮抑制激素、角质层、过氧化氢酶、水通道蛋白和泛素结合酶。进一步分析确定了8个与行为调节相关的DEGs,包括3个在白天上调的谷氨酸脱氢酶基因。通过与各大公开数据库对比,48条unigenes与昼夜调控途径相关。其中,有9个基因被确定参与了“昼夜节律-果蝇”途径。在“昼夜节律-飞行”途径中,所有9个基因均匹配,但昼夜表达均无明显差异。结论:1.中华绒螯蟹血淋巴和眼柄组织中MT含量存在的昼夜节律,呈现双峰模式,且具有同步性。2.中华绒螯蟹血淋巴和眼柄组织中MT含量的昼夜节律随光周期的变化而变化。光照会抑制MT的合成,然而这种抑制作用随着处理时间的延长而减弱。3.中华绒螯蟹眼柄组织昼夜转录组数据发现了5种可能参与蜕皮的DEGs和8个与行为调控相关的DEGs,表明中华绒螯蟹可能和其他甲壳类动物一样在夜间完成蜕皮过程,眼柄组织的变化对其在正常条件下光照的改变具有补偿作用。