通过2016年和2017年连续两年调查,对脚木足河的鱼类资源现状进行了研究,同时分析了川陕哲罗鲑和大渡软刺裸裂尻线粒体DNA控制区序列,旨在了解其种群的遗传背景,为种质资源的有效保护提供参考依据,得出主要研究结论如下:在脚木足河共采集到鱼类11种,隶属3目4科6属。其中,鲤形目的种类最多,有8种,占种类总数的72.73%;鲇形目2种;鲑形目1种。大渡软刺裸裂尻鱼、齐口裂腹鱼和麻柯河高原鳅为脚木足河鱼类的优势种,分别占到渔获总数的29.54%、27.94%和13.77%。青石爬鮡、黄石爬鮡、斯氏高原鳅、东方高原鳅和红尾副鳅等为调查河段常见种,川陕哲罗鲑为稀有种。鱼类组成在河流沿程分布上无明显的区别,但不同河段的鱼类资源量和渔获物的个体大小存在较明显差异。受人类活动干扰较小的柯河乡至射江村河段鱼类资源相对丰富,渔获个体较大,也是川陕哲罗鲑的核心分布区。人类活动导致川陕哲罗鲑等鱼类的栖息地逐渐萎缩,其栖息地损失率超过90%,脚木足河是其在大渡河流域的最后的分布区,该物种已处于濒危状态。脚木足河鱼类可划分为三大区系,分别为北方山地区系复合体、中亚山地区系复合体和南方山地区系复合体。其中,中亚山地区系复合体鱼类种类最多。脚木足河鱼类大多适应激流生活,流态需求较为单一。可分为流水穴隙类群、流水吸附类群、流水底层类群和流水中、上层类群。鱼类产卵类型可划分为沉性卵、粘性卵和浮性卵三类,其中,产粘性卵鱼类相对较多。川陕哲罗鲑、齐口裂腹鱼、重口裂腹鱼和大渡软刺裸裂尻鱼等具有短距离生殖洄游的习性。对脚木足河主要经济鱼类种群结构分析表明,大渡软刺裸裂尻鱼种群的年龄组成为2~8龄,优势年龄组为4~5龄;齐口裂腹鱼种群年龄组成为2~10龄,3~4龄为优势年龄组;重口裂腹鱼种群年龄组成为2~6龄,3~4龄为优势年龄组。大渡软刺裸裂尻鱼、齐口裂腹鱼、重口裂腹鱼和青石爬鮡等鱼类的体长和体重呈幂函数关系。选取特有鱼类大渡软刺裸裂尻鱼和川陕哲罗鲑进行遗传多样性研究。72尾大渡软刺裸裂尻鱼个体中一共检测出19个多态性位点(S),单倍型个数(H)为36,单倍型多样度为(Hd)0.969,核苷酸多样度为(Pi)0.01393,平均核苷酸变异数(K)为3.42684,其单倍型多样度指数核苷酸多样度指数均处于较高的水平。说明目前脚木足河流域大渡软刺裸裂尻野生种群还处于遗传多样性较高的状态。通过系统进化树分析大渡软刺裸裂尻鱼72个个体分成了2个分支,推测脚木足河流域的大渡软刺裸裂尻鱼种群可能来源于2个不同遗传背景的祖先。川陕哲罗鲑15个个体中一共出现了1个多态性位点(S),单倍型个数(H)为2,单倍型多样度为(Hd)0.133,核苷酸多样度为(Pi)0.00023,平均核苷酸变异数(K)为0.13333,其单倍型多样度和核苷酸多样度都处于极低水平。本研究表明,无论从种群数量还是遗传多样性考虑,川陕哲罗鲑都处于亟待保护的地位,建议作为脚木足河流域的优先保护物种。本研究进一步对川陕哲罗鲑进行了RAD(restriction association site DNA)高通量测序,产生的Clean data在2.08G-2.61 G之间,测序质量情况为Q20≥97.25%、Q30≥92.98%,GC含量41.97%,测序深度达到了10×以上,以上说明RAD测序的结果准确可靠。此外,本次测序在川陕哲罗鲑3个个体中平均检测到690559个SNP位点,杂合位点所占比例平均为50.77%。本研究通过对脚木足河流域3个川陕哲罗鲑个体进行RAD简化基因组测序,得到了较高质量的测序数据,获得了大量潜在的SNP标记,为今后SNP标记的开发、群体遗传结构及进化的研究、遗传图谱的构建及重要性状的QTL定位等奠定了理论基础。