国库集中支付制度改革在2001年的全国人大报告中被确定为我国“十五”期间财政收支改革的重点。国库集中支付制度的改革主要是从国家财政角度出发,对中央财政拨款进行推进。国库集中支付制度设立了国库单一账户体系,国库对资金的预算分配、拨付和使用进行全程控制。由于我国行政事业单位的主要经费都来源于财政拨款,因此国库集中支付制度的实施范围涵盖了我国的所有行政事业单位。高等院校属于我国财政体制的一部分,而且教育支出也是我国各级财政支出的主要内容,因此高校必然要被纳入我国国库集中支付制度的范畴。2002年开始,教育部被选为国库集中支付的试点,目前为止,国库集中支付制度已经在高校实施了8年。但是由于高校在社会组织属性,职能和高等教育属性等方面的特殊性,国库集中支付在高校的实施过程中给高校带来积极影响的同时,高校也遇到了很多需要解决的问题。本文首先阐述了国库集中支付制度在国内外的实施现状,以美国、英国和日本模式为例对国外高等教育财政管理体制下的国库集中支付做法进行具体的分析,进而从多学科的角度对国库集中支付制度基础理论进行分析,在分析的过程中指出国库集中支付制度在我国建立的必要性和迫切性。文章紧接着详细介绍了我国国库集中支付制度体系的具体内容,结合我国高等教育财政管理体制的改革历程,指出我国高校实施国库集中支付改革的背景、目的以及该制度在高校的具体做法。在此基础上,文章重点对高校在国库集中支付改革过程中存在的问题进行全面分析：包括高校自主支配资金的萎缩对高校发展的影响,高校会计核算基础的缺陷,高校会计人员的工作量加大等方面。本文在对高校实施国库集中支付过程中产生的问题进行全面分析之后,进而剖析问题产生的原因,即高校的特殊性。最后指出改革势在必行,高校和政府要共同努力,对高校财务管理工作如何适应国库集中支付制度的改革给出相应的对策,主要包括建立国库管理信息沟通制度,强化高校的预算管理,拓展高校的办学经费来源,解决高校零余额账户不能转账的问题和完善国库集中支付系统；并且站在政府角度提出一些政策性建议。