近年来,我国近海海域的污染情况逐渐加重,其中陆源污染为最主要的一种污染,因此陆源污染输入所带来的致病性微生物及抗生素抗性基因污染逐渐受到人们的重视。本文以秦皇岛滦河口海域和深圳大亚湾海域两个典型海域为研究对象,采用荧光定量PCR方法对近海水域较常出现的大肠杆菌、肠球菌和金黄色葡萄球菌的分布状况进行监测并分析其环境驱动因素,同时,采用宏基因组学结合荧光定量PCR方法对抗性基因的分布状况进行研究,得到了下列结果:对两海域环境因子的研究表明,滦河口海域环境因子在不同季节间差异显著,大亚湾海域环境因子仅冬季显著区别于其他三个季节。此外,两河口环境因子均呈现出随离岸距离增加而递减的趋势,但在养殖区会出现短暂上升。对两个海域病原菌分布特征的研究发现,不同季节滦河口海域和大亚湾海域中肠球菌和金黄色葡萄球菌的丰度存在显著差异,此外大亚湾海域的大肠杆菌丰度也表现出显著的季节性差异,差异最大可达10倍左右;在空间分布上,滦河口海域病原菌呈斑块状分布,大亚湾海域大肠杆菌和金黄色葡萄球菌从河口向中心逐渐递减,丰度最高可达1.30×10~5和2.17×10~6 copies/L;对环境因子与病原菌关系的研究表明,两海域中大肠杆菌丰度与环境因子均无显著相关性。其他两种病原菌根据海域的不同而略有不同:滦河口海域的金黄色葡萄球菌与溶解氧、浊度呈显著正相关,肠球菌与溶解氧呈显著负相关关系;而大亚湾海域肠球菌和金黄色葡萄球菌主要与盐度和温度呈正相关,与p H呈显著负相关关系。对滦河口海域不同生境下的抗生素抗性基因进行研究,发现其中分布较广的抗性基因种类主要为四环素和磺胺类,其具有明显的时空分布差异,在春、秋季节浓度较高,在开放养殖区内也检测到较高浓度,sulⅠ、sulⅡ、tet G的相对丰度最高分别可达6.9×10-2、1.0×10-1和7.2×10-1 copies/16S r DNA。本研究以滦河口和大亚湾海域作为研究对象,初步掌握了近岸海域病原微生物和抗生素抗性基因的丰度与分布模式,解析驱动该分布模式的主要环境影响因素,一方面为中国近海病原菌污染提供相关数据支持,另一方面为近海风险预测与水质治理提供科学依据。