2003年联合国大会审议通过了《联合国反腐败公约》,并在其第54条第1款第3项中明确规定了未定罪案件的刑事没收程序，此后各国相继在各自的法律制度中规定了该程序。我国亦借修订《刑事诉讼法》之机,从我国实际出发，结合我国法律文化传统，并借鉴外国有关该制度的有益经验，设立了犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序。然目前新《刑事诉讼法》对该程序的规定仅有四条，内容较粗超，在程序设计上较为抽象和原则。虽然公检法三机关均对此出台了相应的适用解释，但犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序的许多内容在适用上还存在困难，本文试图分析犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序存在的问题与不足，进而提出完善犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序的措施。　　除了引言和结语外，正文分为三个部分,共约三万余字。　　第一部分主要对犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序进行概述。在本部分中，先对设立该程序的必要性和现实意义进行深入阐述。并在此基础上，从程序自身出发，探讨该程序具有的特点，即不以刑事定罪为没收的前提条件、判决前财产具有特殊性以及在一定程度上将对人和对物的处分分离，同时进一步指出该程序的性质是一种对物的非刑罚性质没收和一种权力对权力的控权模式。　　第二部分集中探讨犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序的基本内容。本部分立足于新《刑事诉讼法》及相关司法解释规定，分析该程序与缺席审判制度和附带民事诉讼程序的异同，并指出其应遵循的基本原则、具体内容。在具体内容上，按照诉讼的进程将其分为审前准备程序、审判程序、救济途径、程序回转四个阶段来分别论述。文章认为，作为一个新生事物，该程序在实践当中运行尤其要注意保权和控权，通过保权和控权的博弈，在实践中要做到公正与效率的平衡、控制犯罪与保障人权之间的平衡。　　第三部分是基于上文的分析，探讨该特殊程序存在的主要问题，并提出相应的完善措施。首先指出我国犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序存在的问题，分别是与刑事实体法与民事实体法杂糅、救济途径单一，利害关系人财产保护严重不足、监督机制缺失。其次针对以上存在的主要问题提出完善该特殊没收程序的设想，具体而言：针对现有法律条文过于原则、抽象不利于实践当中的运用这一问题，需要通过细化法律条文，增强其可操作性来予以解决；由于该特殊没收程序不同于普通程序，不能适用普通程序的证明标准和举证责任，证明标准宜采用优势证明标准，在特殊情形下设置举证责任倒置；设立利害关系人善意取得制度，即在诉讼过程中善意第三人若提出合法有效的证据证明对拟没收的财物善意取得则终止审查；扩大人民检察院法律监督权，即若在侦查阶段公安机关发现应当予以没收的财物而不提出没收违法所得意见书时，人民检察院要求其递交仍然不递交的，则人民检察院可自行侦查；完善救济途径——赋予相关权利主体申请抗诉权以及再审权，即对于已经生效的裁定，若相关主体发现裁定确有错误，而犯罪嫌疑人、被告人又不归案的，那么赋予犯罪嫌疑人、被告人近亲属和利害关系人申请抗诉或再审的权利；调整对没收财产的处分——优先返还被害人，即对于作为证据保存又必须及时返还被害人的涉案财物，在被害人提交证据且提供足额担保后可优先返还被害人。