行政许可是行政主体依相对人之申请，依法作出的给相对人具有某项权利或资格的行政行为。环境行政许可制度是指从事有害或者可能有害环境的活动之前，必须向有关管理机关提出申请，经审查批准，发给许可证后，方可进行该活动的法律制度。它是环境管理机关进行环境保护监督管理的重要手段，也是行政管理相对人获得相关权利的法定方式和确认相关义务的法律手段。采用环境行政许可制度，可以把各种有害或可能有害环境的活动纳入国家统一管理的轨道，并将其严格控制在国家规定的范围内。它有利于对开发利用环境的各种活动进行事先审查，也有利于对这类活动的事中控制和事后救济。环境行政许可制度具有如下特点：公益性与公共管理性、预限性、豁免解限性、公正公开性、许可数量有限性。 环境行政许可设定权属于一种立法权，由于环境法学现有理论自身的困难和相关上位法律调整机制、基本原则的支撑缺失，该权力运用的领域、范围、方式以及目的目前均缺乏充分理论和实证的研究。《中华人民共和国行政许可法》颁布后，现行环境行政许可设定面临着来自外部调整和内部重构的双重诘难。在这种背景下，本文在进一步研究环境行政许可的内容与特点、性质与功能、适用范围、条件和标准，特别是以生态治理市场化法律制度为例，对环境行政许可制度与其他制度互补协作问题研究作实例分析的基础上，从环境行政许可设定理论基础研究入手，探讨了现行环境行政许可设定之缺失，由此提出设定环境行政许可的一般原则，研究了重构环境行政许可设定的内容等一系列理论和实践问题。