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胎盘缺陷与转基因克隆牛的异常发育有关，但其具体机制目前还不清楚，而miRNAs在组织与器官发育过程中起着重要的调控作用。为了研究胎盘中miRNAs的差异表达是否与转基因克隆牛效率低有关，我们运用二代测序技术对四组胎盘组织：1）POL转基因克隆胎盘，其后代出生后存活；2）POD转基因克隆胎盘，其后代在出生后两天内死于大胎儿综合症；3）PCM转基因克隆牛作为母牛自然妊娠后所生产小牛的胎盘；4）PNC一头荷斯坦母牛经自然繁殖后所产的小牛胎盘；进行了miRNAs及mRNAs测序分析，最后在差异表达mRNAs的基础上，分析信号通路的变化。结果显示在四组胎盘样品中共有694差异表达的miRNAs，如miR-210，miR-155，miR-128，miR-183和miR-145。信号通路分析结果显示POL，POD，PCM组胎盘与PNC组胎盘相比显著上调的通路主要包括黏着斑，ECM-受体相互作用通路，癌症通路，肌动蛋白细胞骨架调控通路，内吞作用通路，粘附连接通路；POL，POD，PCM组胎盘与PNC组胎盘相比显著下调的通路主要包括疟疾，NOD样受体信号通路，细胞因子与细胞因子受体通路，Jak-STAT信号通路和阿米巴原虫症。同时我们对其中差异表达显著的bta-miR-708，利用三质粒包装系统（PCDH-CMV-MCS-EF1-copGFP，PMD2.G，PSPAX2）构建其慢病毒表达载体，并将其慢病毒表达载体转入牛胎盘滋养层细胞，通过荧光定量PCR鉴定miR-708的表达量。结果表明构建的miR-708慢病毒表达载体在转染到牛胎盘滋养层细胞后miR-708的表达量显著提高，说明其慢病毒表达载体构建成功。本研究证明，miRNAs及信号通路的变化与转基因克隆牛胎盘的异常发育有关，为阐明转基因克隆牛胎盘发育异常的具体机制提供一个新思路。