黄瓜是世界上的十大蔬菜之一,目前在世界黄瓜种质资源的遗传多样性、亲缘演化关系和核心种质构建方面缺乏系统性的研究。为了评价收集资源的群体结构和遗传多样性以用于育种实践,本研究采用来自世界各地的3318份黄瓜种质资源做为材料,利用从黄瓜高密度遗传图谱995对SSR引物中筛选的23对高多态性标记进行群体结构、亲缘关系和遗传多样性的分析,主要研究结果如下:1)从黄瓜高密度遗传图谱的995对SSR引物中筛选出在黄瓜7条染色体上均匀分布且能扩增出清晰稳定单一条带的多态性引物23对,对3318份种质资源进行了群体遗传多样性的分析,结果显示23对引物具有高多态性,能够区分不同地域的黄瓜种质。2)鉴定出和地理分布相关的三个亚群。基本上能够将所有供试资源按照中国与东亚类型、欧美与中西亚类型以及印度、中国西双版纳类型分为三类。采用Neighbor-Joining方法对SSR数据进行了聚类分析。3)基于SSR分析结果,在分子水平上探讨了亚群之间的亲缘演化关系:欧美和中西亚类群、中国和东亚类群可能是由印度亚群演化而来。同时进一步证明了黄瓜的起源以及传播路线。4)在所分析的亚群中,亚群三(印度和中国西双版纳类型)虽然资源数目最少,但是基因多样性与杂合度均高于亚群一(中国和东亚类型)和亚群二(欧美和中西亚类型),这为栽培黄瓜起源于印度提供了分子证据。亚群一、亚群二的平均扩增片段长度大于亚群三,这为亚群一、二起源于亚群三的假设提供了证据。5)选择最能代表资源多样性的材料,构建核心种质资源库,最终确定了120份材料作为黄瓜核心种质资源,以3.6%的全部资源可以代表80.8%的遗传多样性。本研究讨论了世界范围黄瓜资源的遗传结构,为进一步了解黄瓜进化提供了依据,构建的核心种质可以较大程度代表资源的遗传多样性,这些核心资源可用于重测序和优良基因的鉴定。