隐孢子虫病(cryptosporidiosis)是由隐孢子虫(Cryptosporidium)引起的一种世界性的人兽共患原虫病。该病对人类健康和动物生产带来严重危害，主要造成婴幼儿及免疫功能低下者致死性肠炎，是人类爱滋病患者死亡的直接原因之一;动物多发于幼龄，主要表现为顽固性下痢，即使康复亦常复发，使生长受阻，造成很大的经济损失。近年来，国内外关于隐孢子虫研究的报道逐渐增多，烟台地区关于此病的研究较少。　　 本研究根据GenBank中已发表的隐孢子虫18srRNA基因设计一对引物，以从卵囊中提取的DNA为模板，对18srRNA基因进行PCR扩增，按常规方法与载体连接，经蓝白斑筛选和PCR鉴定获得阳性重组质粒，分别绘制质粒DNA和奶牛隐孢子虫卵囊的标准曲线，建立检测奶牛隐孢子虫18sRNA的SYBRGreenⅠreal-timePCR，并验证real-timePCR方法的特异性、敏感性和重复性;在real-timePCR检测隐孢子虫方法建立的基础上，对采自烟台地区6个奶牛场共565头奶牛的新鲜粪便进行流行病学调查，分析奶牛隐孢子虫感染与腹泻、季节、年龄等方面的相关性;从阳性样本中分离虫株，对分离株18srRNA基因进行序列分析，绘制进化树，分析分子种系发育关系，进而鉴定分离株的基因型。　　 试验结果表明:本研究建立的real-timePCR方法敏感性高、特异性强、重复性良好，最低检测阈为10个拷贝的质粒DNA和1g粪便中的10个卵囊，重复性试验的标准差为0.494;6个奶牛场的隐孢子虫感染率分别为12.75％、9.18％、10.67％、15.11％、11.11％和5.26％，总阳性率为10.44％，隐孢子虫感染主要来自于有腹泻症状的犊牛和青年牛，并以冬季和春季为多发季节;对分离到的YT1-6和YT7-16两类隐孢子虫的18sRNA基因测序结果表明该两类虫株卵囊序列与GenBank上的C.andersoni(AF093496)和C.parvum(AF108863)“mouser”型18srRNA基因核苷酸序列同源性分别为98.8％和98.4％，因而可以判断烟台地区感染的隐孢子虫为C.andersoni和C.parvummouse基因型。