菠萝是我国南亚热带地区最具特色和优势的热带水果之一，但是菠萝育种研究还比较落后，面临着大量种质资源的流失、鉴别与分类杂乱且欠准确、遗传距离狭窄、品种退化等问题，难以适应菠萝产业化发展的需要。如何利用现有的种质资源和合理选择利用自然变异的优良株系，或者通过人工杂交和诱变的方法来创造新的优良品种势在必行。本研究对菠萝田间生物学特性进行简单描述，利用SRAP分子标记技术及流式细胞仪对61份菠萝种质资源进行种质鉴定、分类、亲缘关系及菠萝倍性鉴定等方面研究，从形态学水平、分子水平以及细胞学水平上评价目前所收集保存的菠萝资源的遗传多样性，为我国菠萝的生产及育种提供理论依据。研究结果如下：[1]菠萝属于富含多糖、多酚的植物，且叶片革质化和含多种次生物质，这严重影响了DNA的抽提效率。本研究采用改良CTAB法提取到高质量的DNA，适合SRAF分析。 [2]建立了菠萝SRAP的反应体系： 最佳的SRAP反应体系组分为：总反应体积为20μL，包括2.0μL10xPCRbuffer，1.2UTaqDNA聚合酶，20ng模板DNA，0.2mMdNTPs，0.3μM引物，2.5mMMg2+。 PCR扩增程序为：94℃预变性5min；94℃变性1min，35℃复性1min，72℃延伸1min，5个循环；94℃变性1min，50℃复性1min，72℃延伸1min，35个循环；72℃延伸6min，4℃保存。 [3]从99对SRAP引物中筛选出35对引物对61份菠萝种质进行遗传多样性分析，都得到了清晰的指纹，并且所有品种表现出多态性，说明了SRAP技术在菠萝品种鉴定中的可行性。其中35对SRAP标记获得567条带，多态性位点384个，多态条带比率为67.72％。 [4]利用SRAP标记得到的数据矩阵，采用Nei&Li的方法计算出各材料间的遗传相似系数，应用UPGMA法获得聚类图。表明61份菠萝种质间的亲缘关系较近，说明所收集的种质遗传基础较窄。在类群的划分上，依相似系数0.83的水平，可以将供试的61份菠萝种质分为5种类型。与经典的植物学分类法结果基本一致。[5]对6个菠萝主栽区遗传聚类分析，结果表明6个菠萝两两主栽区之间的遗传一致度(Ⅰ)范围为0.8823-0.9724，遗传距离(D)的变化范围为0.0280-0.1252，福建(FJ)和海南(HN)主栽区的遗传一致度(Ⅰ)最高，广东果树所(GGZ)和徐闻(GXW)主栽区的遗传一致度(Ⅰ)最低。[6]流式细胞仪检测结果表明，所检测的35个样品为同一倍性，都为2倍体。