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从某化工厂污水处理池的活性污泥中分离筛选到两株孔雀石绿降解细菌,经形态、生理生化特性测定及16S rRNA基因相似性比较,将它们初步鉴定为Raoultella sp.K4-W (GenBank Accession No. EU876828)和Pseudomonas sp.K9 (GenBank Accession No. EU855781)。菌株K4-W在pH5.0-10.0范围内生长良好,最适生长pH为7.0,最适生长温度为30℃,木糖为其最适生长碳源,蛋白胨为其最适生长氮源；K9在pH为6.0-10.0的范围内生长良好,最适生长pH为7.0,最适生长温度也为30℃,麦芽糖为其最适生长碳源,牛肉膏为其最适生长氮源。在含有20mg·L1的孔雀石绿的无机盐培养基中,K4-W和K9在48h内对其的降解率分别为82.5%和88.3%。K4-W和K9对孔雀石绿的最适降解温度为30℃。高于20mg·L1的孔雀石绿起始浓度会降低两株菌的降解率,除Pb2+(0.5mmol·L-1)有促进作用外,A13+、Mn2+和Zn2+等都会抑制K4-W对孔雀石绿的降解。K9的降解能力却会受Cd2+、Mn2+和Mg2+等所有供试金属离子的抑制。K4-W只能降解孔雀石绿,对其他三苯甲烷类染料无降解功能；K9除了能降解孔雀石绿以外还能降解结晶紫及碱性品红等三苯甲烷类染料。根据已报道的三苯甲烷还原酶基因(tmr2)设计引物,从K9和K4-W扩增该基因。结果显示,从K9中能扩增到tmr2基因(864bp),通过在线比对序列相似性,该基因与Pseudomonas stutzeri MDB-1中的tmr2(GenBank accession No.EF463103)相似性高达100%,与Citrobacter sp.MY-5中的tmr(GenBank accession No.AY756172)和Aeromonas hydrophila DN322中的tmpD(GenBank accession No.EF010984)相似性为99%。但未从K4-W中扩增到该基因,该菌株是否含有新的三苯甲烷还原酶基因,还需进一步研究。将tmr2基因构建到表达载体pET29a中,转化到E.coli BL21(DE3)中进行了表达,得到了分子量符合预期大小的蛋白质(31KD),该蛋白具有三苯甲烷还原酶活性,它能够依赖辅酶NADH还原孔雀石绿,结晶紫和碱性品红。该特性与前人报道的从Citrobacter sp. MY-5和Pseudomonas stutzeri MDB-1克隆到的tmr基因在E.coli BL21(DE3)中表达产物的特性一致。通过染色体步移(chromosome walking),获得了tmr2基因上游和下游片段,它们和tmr2基因拼接后的总长为5946bp。对其进行分析,在上游片段中没有发现有意阅读框,下游片段包含了一个典型的移动元件ISPpu12,该移动元件由tnpA(编码转座酶),IspA(编码脂蛋白信号肽酶)和orfl(编码CDF家族重金属离子/H+外排通道蛋白)组成。据此推测tmr基因可能是一个可以在菌株之间进行水平转移的基因,但还需要进一步研究来证明。