目前,全球经济发展进入了知识经济时代,各国纷纷加强了对知识产权的重视,知识产权保护形成的贸易壁垒成为当前最有效的贸易保护手段之一。近年来,中国遭遇的知识产权纠纷越来越多,且大多败诉,严重影响了中国的出口贸易,尤其是高技术产品的出口。中国要想成为贸易强国,提高在国际市场上的竞争优势,就必须提高知识密集型产品、资本密集型产品以及高技术产品的出口比重,优化中国的出口商品结构。全球多边贸易体制进程受阻,双边自由贸易协定快速发展,在新签定的高标准自由贸易协定中,知识产权保护成为重要的内容。作为全球货物贸易总量最大的国家,能否充分利用自由贸易协定这一重建国家间知识产权保护制度的新机会,进一步提高技术创新能力,消除贸易壁垒,优化出口商品结构,对推进中国更高水平的对外开放和深化对内改革发展都具有重要的意义。本文在前人研究的基础上重新归纳整合,首先交代了本文采用的理论基础,接下来从技术创新效应和成本降低效应两个方面阐明了FTA知识产权保护对出口商品结构的影响机制,并对当前FTA知识产权保护和中国出口商品结构的特征事实从多个方面进行介绍,最后,运用多期双重差分方法,选取相关变量对FTA知识产权保护与中国出口商品结构的关系进行实证研究,并根据研究结果提出优化中国出口商品结构的对策建议。在实证研究中,本文采用2003-2017年中国与17个自由贸易协定伙伴国的贸易数据,按照Lall（2000）的分类方法,将出口的工业制成品按照技术含量的不同进一步分为高技术产品、中技术产品和低技术产品,通过建立多期双重差分模型,研究带有知识产权保护内容的自由贸易协定生效后对中国出口商品结构的影响。研究结果显示,相比于未包含知识产权条款的自由贸易协定,包含知识产权条款的自由贸易协定生效后对高技术产品的出口比重产生了显著的负向影响,而这种影响对低技术产品和中技术产品都不显著。本文研究结论表明,对于目前技术创新主要以模仿吸收国外先进技术为主要途径的中国,FTA知识产权保护带来的高标准技术贸易壁垒阻碍了高技术产品的出口,要想充分发挥FTA知识产权保护条款对出口商品结构的优化作用,就要致力于自主创新,积极参与构建既符合国际知识产权保护标准,又符合本国发展利益的知识产权保护体系,不断增强高技术产品和高附加值产品的出口竞争力,提升中国在全球价值链分工中的地位。