多年来国内外的大量研究结果表明：猴头菌属菌株营养十分丰富并且含有多种活性物质,具有组织恢复、增强细胞活力等诸多功能。在我国,栽培和发酵工业上应用的猴头菌属菌株已达几十种。随着猴头菌产业的良好发展,生产上迫切需求选育出更优良、更高产的猴头菌新品种。同样在育种方面寻找到快速鉴别新型菌株的技术,减少出菇试验的鉴定工作量、降低成本并提高效率,也已成为目前的研究重点。近些年来,多种不同类型的分子标记技术开始在食用菌的菌株鉴定上进行应用,分子标记是一类稳定、简便、迅速的现代技术,对食用菌菌株的鉴定提供了有效的技术支撑。本试验以来自全国14个地方的54个栽培猴头菌菌株和采自川西高原的11个野生猴头菌菌株作为研究材料,进行了拮抗反应、ISSR遗传分析以及农艺性状的测定,并对部分优选的栽培菌株和野生菌株进行菌丝生理特性测定和ITS序列分析,来对猴头菌菌株进行鉴定及主要性状评价。1.对54个栽培猴头菌菌株和采自川西高原的11个野生猴头菌菌株做拮抗试验,两两组合。利用菌株之间的拮抗反应,观察猴头菌菌株的形态特征,判定不同类型菌株之间的亲缘关系。因为猴头菌属菌株之间营养菌丝融合有不亲和性,所以通过拮抗线的宽度、颜色等特征进行判断,可以辅助进行鉴定菌株亲缘关系远近。结果表明：拮抗反应能够区别一定数量的菌株,但鉴别时容易产生一些主观的判断失误。2.采用简单序列重复区间扩增多态性(Inter-simple sequence repeat, ISSR)技术,利用8个引物对供试的65株菌进行遗传多样性分析,运用NTSYSpc2.1软件进行聚类分析,构建系统树。结果显示各个菌株在图谱上都存在丰富表达,同时呈现出较强的特异性,并且菌株的差异程度各不相同。通过对亲缘关系树状图分析,得出各菌株的遗传相似性。聚类分析结果表明,选用8个ISSR引物能将所有供试菌株相互区分开,并表现出丰富的遗传多样性。遗传相似系数变异范围为0.444～0.950,在相似系数0.675时,66个菌株聚为4类。说明菌株在DNA水平上具有比较显著的遗传变异。为猴头菌种资源保藏、产权的保护以及新菌种的开发奠定了理论依据。3.对筛选出的菌株进行ITS4-ITS5扩增,测序结果通过在GenBank中已知的猴头菌属的种进行Blast序列比对,得到同源序列较高的ITS序列,并以猴头菌属其它种作为参照构建系统发育树。结果表明：7个菌株的ITS序列与EU784264.1 Hericium erinaceum、AY534589.1 Hericium erinaceum等在同一个进化支上,可确定7个菌株均是Hericium erinaceum。4.对供试的65株菌进行栽培出菇试验,对猴头菌子实体的农艺性状进行测定,包括形态特征(子实体颜色、菌球直径、菌刺长度、菌刺朝向、基部有无膨大和有无分枝)以及菌株产量。结果表明：54个栽培猴头菌菌株全部出菇,11个野生猴头菌菌株能够出菇但产量偏低,65个菌株均能够进入到农艺性状考察阶段。63号野生菌株的平均产量达到160.53 g,高于很多栽培菌株,值得进一步研究。5.对筛选出的部分栽培菌株和野生菌株进行菌丝生理特性测定,其中包括在不同温度下,菌株在PDA培养基上菌丝的生长速度。结果显示在5℃时,所有供试菌株全部停止生长；在40℃时,所有供试菌株全部停止生长,甚至死亡。猴头菌菌丝最适生长温度为25℃。