环境合作行政协议是政府为了有效治理环境污染，根据环境的流动性和复合性的特点所产生的一种新型环境治理方式。是平等行政主体间为治理该区域环境问题，保护公众健康，相互协作而达成的意思表示一致的合作行政协议。环境合作行政协议的性质属于对等性公法契约，对区域相对人的利益产生影响的环境合作行政协议还属于抽象行政行为。由于环境合作行政协议法制程度低，理论不成熟，在缔约主体、缔约内容、缔约程序、纠纷解决等方面存在诸多问题，影响环境合作行政协议在实践中作用的发挥。为推动环境合作行政协议的规范化和法制化，发挥其治理改善环境方面的重要作用，需结合协议基础理论和存在的具体问题，对症下药，从环境合作行政协议的缔结和履行两大阶段进行制度构建。同时环境合作行政协议在履行过程中难免会产生各种纠纷影响环境合作协议的贯彻执行，应构建多元的纠纷解决机制，包括违约条款解决机制、行政裁决机制、仲裁解决机制和司法解决机制。