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近年来,受人类活动和气候环境变化的影响,水母爆发的事件频繁发生,特别是有毒水母,不仅改变了当地海洋生态系统的结构和功能,也给人们的健康和安全、海洋渔业资源以及海洋渔业生产造成严重的影响。因此鉴别水母种类并掌握其种群动态具有重要意义。传统的形态学鉴定方法存在多方面的局限性,而新兴的DNA条形码(DNA barcoding)技术是利用一段较短的DNA序列作为标记基因来进行物种鉴定的分子生物学技术,可以有效解决传统鉴定方法面临的困难。两种方法结合起来可以进行更加精确的物种鉴定。本研究利用线粒体基因16S、COI和核基因18S基因片段,对泰国沿海常见的有毒水母进行遗传分析,并比较了3个基因片段作为通用分子标记,在研究水母类多个纲的遗传多样性中的应用。研究发现,泰国近海的有毒水母存在较高的遗传多样性,所获得的71个样品可以分为13个种或属,包括5种钵水母、6种立方水母和2种水螅水母。然而,完全确定各种的分类地位,还需要更多的形态、生活史等方面信息。三个基因片段均能明确区分各种类,但核基因18S序列比线粒体基因片段更为保守。根据16S基因片段序列计算水母种内和种间的K2P(Kimura2-parameter)遗传距离,发现所研究的12个水母种类,种内遗传距离在0-0.062之间,其中99%的种内遗传距离小于0.050,同纲种间的遗传距离为0.150-0.412,其中86%的种间遗传距离大于0.250,不同的纲间遗传差异在0.368到0.685之间,其中86%的个体纲间遗传差异大于0.500。;而利用18S基因,种内距离在0-0.002之间,同纲种间距离为0.011-0.101(平均为0.038,SE=0.006),不同的纲间遗传差异在0.081-0.232之间;利用COI基因,种内距离在0–0.151之间,同纲种间距离为0.164-0.299(平均为0.254,SE=0.025),不同的纲间遗传差异在0.271-0.385之间。线粒体基因16S、COI的AT碱基含量明显高于核基因18S,且立方水母纲分别与钵水母纲、水螅水母纲之间16S、COI的碱基含量均有显著差异,进一步表明水母线粒体16S、COI基因的突变率相对较高,适合研究水母较低分类阶元以及种下的遗传差异。与COI基因相比,16S基因序列在种内高度保守,其遗传差异小于COI的种内差异,更加适合研究水母门类较高分类阶元的划分。与16S和COI序列相比,18S序列也更加适合划分较高分类阶元的物种。