并购重组可以帮助企业优化市场资源、发挥协同效应、提高管理水平、促进产业升级，是企业实现外延式增长的重要途径。上市公司通过并购重组可以实现横向及纵向的快速规模式发展，然而，并购重组中损害上市公司及中小投资者的事件也频繁发生，如上市公司溢价收购的标的企业经营效果不及预期、上市公司大股东利用持股优势恶意注入劣质资产等。为保护上市公司及中小投资者利益，我国证监会于2008年5月18日实施了《上市公司重大资产重组管理办法》，规定上市公司并购标的资产若采用基于未来收益预期的估值方法进行定价的，上市公司须与交易对方签订明确可行的盈利预测补偿协议。　　然而在盈利预测补偿协议实际运用过程中，出现并购标的资产“高估值”、“高盈利预测”、“高业绩补偿”的三高现象，且上市公司关于并购标的未能完成盈利预测指标的公告层出不穷。盈利预测补偿制度能否规范资本市场、保护上市公司利益，引起了我国相关研究者的关注。　　本文以神州高铁收购武汉利德、交大微联以及中水渔业收购新阳洲的案例为研究对象，分析研究盈利预测补偿协议的条款设置是否能起到保护上市公司的作用，以及盈利预测补偿协议的完成情况是否对上市公司的超额收益与财务指标造成影响。本文首先对并购重组及盈利预测补偿协议进行介绍，然后分析盈利预测补偿协议的运用现状及影响因素，再通过案例进行实证研究，最后得出结论并提出相应建议。　　通过理论分析及实证研究，本文得出结论：首先，盈利预测补偿协议的条款设置，将对补偿义务人产生不同程度的制约作用，条款设置好坏将直接影响补偿义务人是否积极完成业绩承诺、上市公司是否能顺利收回补偿款等。其次，从神州高铁及中水渔业的案例来看，完成盈利预测补偿协议约定盈利指标将对上市公司产生正超额收益，而未完成盈利指标将对上市公司产生负超额收益。最后，即使标的企业完成盈利预测补偿协议约定业绩也未能立刻优化神州高铁财务指标，中水渔业亦因新阳洲未完成业绩承诺而导致财务指标恶化。　　在研究结论的基础上，本文针对盈利预测补偿协议的条款设置与制度两方面提出了优化及改进建议，以期使盈利预测补偿协议在并购重组中充分发挥其应有的作用，使社会及企业资源能得到充分配置和利用，促进我国资本市场的健康、稳定发展。在盈利预测补偿协议条款设置上，本文提出优先考虑以股票支付交易对价、设置股票禁售期及现金分期支付、合理选择预测指标、以支付的交易对价设置补偿金额、设置股权回购选择权条款、设置标的企业交易价格调整条款等建议。在盈利预测补偿协议的制度改进上，本文建议:实行双边对赌、加入其它考核指标、强化中介机构的作用与责任、监管部门加大持续监管力度。