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【目的】研究不同口腔干预措施对长期住院患者口腔呼吸道需氧致病细菌定植率及医院内获得性肺炎（HAP）发病率的影响；从基因水平研究口腔内需氧致病定植细菌与HAP病原菌的同源性。【方法】将我院62名老年患者（>65岁）随机分为试验组（n=31）和对照组（n=31），试验组每日两次予复方氯己定清洁口腔,对照组每日两次予生理盐水清洁口腔，研究对象均在入组第1天（干预前）和第30天（干预后）取口腔标本（咽拭子、龈上菌斑），比较不同的口腔干预措施对口腔呼吸道需氧致病细菌定植率与HAP发病率的影响； HAP患者收集痰标本，采用重复序列聚合酶链反应技术（repetitive element polymerase chain reaction, rep-PCR）对口腔和痰标本分离菌株行同源性研究。【结果】1．不同口腔干预措施对长期住院患者口腔呼吸道需氧致病细菌定植率及HAP发病率的影响：(1)试验组口腔干预前后咽部呼吸道需氧致病细菌定植率分别为58.06%及32.26%，口腔干预前后龈上菌斑定植率分别为55.17%及27.59%，差异均具有统计学意义(P<0.05)；（2）对照组口腔干预前后咽部呼吸道需氧致病细菌定植率分别为54.84%及32.26%，口腔干预前后龈上菌斑定植率分别为53.57%及28.57%，差异亦均具有统计学意义(P<0.05)；（3）试验组与对照组半年内HAP发病率分别为10.20/1000住院日及14.12/1000住院日，差异具有统计学意义(P<0.05)。2.口腔内需氧致病定植细菌与院内获得性肺炎(HAP)病原菌的同源性研究：(1)咽部需氧致病细菌定植率为56.45%，牙菌斑定植率为54.39%，其中G-杆菌占66.27%，G+球菌占33.73%，分离最多的细菌依次为铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、鲍曼不动杆菌；（2）rep-PCR显示36株HAP病原菌中26株与口腔内定植菌具有100%同源性。【结论】1.每日应用复方氯己定和生理盐水行口腔清洁均可以减少口腔呼吸道需氧致病细菌定植率，但长期应用复方氯己定较生理盐水可以减少HAP的发生率；2.长期住院的老年患者口腔内需氧致病菌定植率较高，尤其G-杆菌；3.口腔内需氧致病定植细菌是HAP病原菌重要的贮存库。