鸡马立克病(Marek’s disease,MD)是由马立克病病毒(Marek’s disease virus,MDV)感染鸡引发的一种重要的免疫抑制病及肿瘤病。近年来,随着鸡群MD疫苗长期而广泛的应用,在免疫压力选择下MDV对疫苗的免疫耐受不断加大,毒力越来越强,流行毒株不断发生进化。在我国,MDV的流行也导致了MD疫情的频繁爆发,给家禽养殖业造成巨大经济损失。河南作为中国最大的家禽养殖基地,了解河南鸡群MDV的最新流行情况具有重要现实意义。另外,MDV基因组庞大,编码上百种蛋白,很多蛋白的功能目前仍不清楚,进一步深入研究未知基因功能、挖掘潜在致病因子的任务仍十分艰巨。为了解当前MDV分子进化特征并为MD防控提供有效参考,本研究首先应用PCR扩增和DNA测序分析对河南焦作土鸡群MD疑似病例进行了确诊,并通过CEF细胞盲传培养和间接免疫荧光实验(IFA)分离鉴定了3个流行毒株,分别命名为HNJZ101、HNJZ102和HNJZ103。进一步研究结果显示,3个MDV分离株均为MDV-1毒株、未发生REV共感染,并且132-bp重复序列均为双拷贝。基于meq、gE和gI基因进行了系统发生树分析,结果提示,3个分离株HNJZ101、HNJZ102和HNJZ103很可能是当前河南土鸡群中流行的致病性MDV-1毒株,其确切的致病型及导致免疫失败的原因仍有待进一步深入研究。为了给后续开展MDV感染及致病致瘤机制等相关研究奠定基础,本研究用vvMDV-1毒株GX0101接种1日龄SPF鸡,建立了动物感染模型,然后用qPCR分析10个具有代表性的MDV蛋白编码基因的时空表达谱。并结合此前研究鉴定了GX0101感染宿主的致病阶段:早期增殖性-限制性感染期为1~7 d,潜伏感染期约为10 d前后,晚期溶细胞性感染及免疫抑制期发生于14~21 d,而T细胞转化及淋巴瘤形成阶段可能在14 d前后就已经开始。为进一步研究MDV编码基因的转录组学,本研究应用RNA-Seq技术,对GX0101感染宿主后3、7、14、21、30和60 d的脾脏样本进行了转录组高通量测序。测序结果显示,GX0101的182个病毒编码基因均可被检测到,并最终得到了MDV编码基因在不同致病阶段的动态表达谱;以3 dpi为对照,采用DEGseq进行基因差异表达分析,分别从7、14、21、30和60 dpi筛选出差异表达基因57、33、70、68和33个,其中上调基因分别为33、28、37、29和15个,下调基因分别为24、5、33、39和18个,进一步的qPCR验证也充分证明了DEGseq结果的可靠性。本研究从RNA-Seq数据分析中获得了大量GX0101编码基因的转录组信息,为后续进一步挖掘潜在致病、致瘤基因的研究奠定了重要基础。