多年来产学研联盟问题一直成为政府、学术界和产业界共同关注的一个重要问题。从微观角度看,企业面对新的经营环境和压力,意识到通过自身资源和专有技术难以进行持续的技术创新,需要通过不同组织间的合作创新来实现新技术的研发,而高校和科研院所是我国最重要的技术创新主体,因此企业需要通过建立产学研联盟进行合作研发来弥补自身技术实力的不足。从国家角度看,产学研联盟是国家创新体系中重要的组成部分,对推动国家技术创新有重要的战略意义。产学研联盟要健康稳定的发展,离不开一套完善的、适合的联盟治理机制,而利益机制是联盟治理机制的核心。在我国产学研联盟的实践中,联盟失败的案例中大约50%是由于利益分配不合理造成的,因此建立一套科学、完善的产学研联盟利益分配机制,对我国产学研联盟的持续、高效、顺利地进行有着非常重要的理论价值和实践意义。首先本文借鉴前人的研究成果,对产学研联盟、产学研联盟可供分配的利益以及利益分配机制的概念做出比较清晰的界定。其次本文对产学研联盟利益分配的特点、原则和影响因素进行了探讨,并结合我国产学研联盟的实践,归纳了产学研联盟的合作模式和和常用利益分配方式,提出了具体联盟合作模式下利益分配方式的选择策略。再次本文将产学研联盟利益分配问题分为分为两个阶段,即联盟组建之初的合作博弈阶段和联盟运行过程中的非合作博弈阶段。基于此,本文提出了基于Nash协商模型、模糊评价法的初始利益分配方案,并通过一个两阶段博弈模型验证了引入激励机制的必要性,提出了基于激励惩罚机制的利益优化调整方案。最后通过案例分析,验证了本文设计的利益分配机制的有效性和可操作性。本文的研究综合运用了博弈论、契约理论、激励理论、层次分析法、模糊评价法,对我国产学研联盟实践中利益分配问题的解决具有一定的指导意义。