为了进一步研究在金鱼雌核发育过程中不同发育阶段的单倍体和二倍体蛋白质表达水平的差异，并阐明单倍体不能正常发育的机制，本文以遗传背景一致的金鱼雌核发育单倍体(HE)和二倍体(DE)胚胎的相应尾鳍出现期(为受精后31个小时)的胚胎为材料，每隔2个小时为一个时期，共提取了3个时期的胚胎全蛋白质进行蛋白质组分析。本论文对单倍体3个时期的胚胎全蛋白质(分别为HE-1、HE-2、HE-3)采用双向凝胶电泳进行蛋白质点的分离，获得了重复性较好的凝胶图谱，采用PDQUEST2-D软件分别对HE-1、HE-2、HE-3之间的差异蛋白进质进行比较分析，经MALDI-TOF和ESI-Q-TOF分析初步鉴定了28个差异蛋白质点。通过对这些差异蛋白质点的功能分析，发现3个与眼睛发育相关的蛋白质：Gamma晶状体蛋白质M1-1、Gamma晶状体蛋白质M3、homeodomainprotein(cloneG6)；7与发育调控相关的差异蛋白质，例如胰岛素样生长因子结合蛋白质2、Smad2、Methy1-CpG结合蛋白质2；4个与神经发育相关的蛋白质，例如神经生长因子β链前体、Neuralplakophilin-relatedarm-repeatprotein。另外还鉴定了一些细胞分化与维持、体节形成、信号传导等相关的蛋白质。 　　据罗琛研究发现单倍体胚胎发育不正常是因为单倍体不能选择二倍体依赖的调控系统。本文研究发现在金鱼雌核发育单倍体发育过程中，一些对发育起关键作用的蛋白质在单倍体上表达下调的可能原因是编码这些蛋白质的基因未能被选择表达或表达受阻，从而导致单倍体胚胎发育过程中一些器官和形态发育不正常。另外一些蛋白质表达上调可能表明了单倍体胚胎在尾鳍出现期一些组织、器官的形成。 　　肽质谱指纹图分析是一种常用的蛋白质的鉴定方法.为了提高这种方法鉴定蛋白质时序列覆盖率和准确度，本文以6个标准蛋白质为分析样品，对几种不同的酶解肽段的浓缩、脱盐和点样方法进行了检验和优化。结果发现将酶解肽段的浓缩体积控制在5μl以下和采用10mM柠檬酸铵缓冲液板上脱盐能提高蛋白质鉴定的准确度；在点样的时候，采用先点样品再点基质的方法能明显提高匹配肽段的个数和信噪比。