microRNA在肝内胆管癌中的作用机制研究

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肝内胆管癌(Intrahepatic cholangiocarcinoma,ICC)系指起源于肝内二级以上胆管被覆上皮的一种原发性肝癌。近二十年间,全球范围内ICC的发病率和死亡率均显著升高,更重要的是,ICC发病率最高的区域在泰国及东亚其它地区。micro RNA是一类很重要的调控基因,通过作用于m RNA使其降解和翻译抑制导致基因(m RNA)沉默。近年来,micro RNA被广泛用于肿瘤的研究中,是提早发现癌变的关键性因素。本文目的在于通过生物统计的方法,找出某些ICC的影响因子,为人类疾病的预防和个性化治疗提供理论支持。本文使用GEO网站上的一套ICC芯片数据(GSE32958)。首先根据配对原则,处理数据得到显著(p<0.05)上调或下调的micro RNA调控基因的关系,也即靶向关系;接着进行Pearson相关性分析,选取显著相关(p<0.05)的靶向相关性关系。接下来是建立加权共表达网络(WGCNA)获得靶基因模块,使用相关矩阵数据得到基因网络结构的邻接函数,计算所有不同节点的差异系数,然后构建分层聚类系统树(hierarchical clustering tree),设定阈值找出靶基因模块。最后选取秩号为1(即包含最多靶基因)的模块使用DAVID软件进行Fisher精确检验来得出与ICC显著相关的因子。最终得到106个在统计上显著富集的GO term(即功能类别),以及5条与ICC显著相关的KEGG pathway(通路)。在已有相关文献报道中进行验证,发现Focal adhesion,Pathways in cancer这两条通路确与ICC相关。而通路Axon guidance,ECM-receptor interaction,Regulation of actin cytoskeleton在已有的文献中被验证与癌症相关,但目前没有与ICC相关的文献报道。因此这三条通路将留给今后的实验人员来验证,并期待能够为今后的药物研究提供新的研究方向。
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