随着我国经济不断发展、市场经济体制逐步完善，越来越多的企业选择以合并的方式实现自身得快速扩张与经营领域的多元化，从而实现在激烈的市场竞争中立于不败之地的目的。由此可见，合并在经济领域中扮的角色越来越重要，而所得税作为影响合并成败的关键因素之一，其重要性自然水涨船高，愈发受到学术界和实务界的重视。《企业会计准则第18号——所得税》与《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）等有关法规地相继出台也为合并中相关主体的所得税核算与计量奠定了坚实的制度基础。前者作为所得税会计的制度依据，决定了应当如何进行相关的核算；后者通过引入一般性税务处理方式与特殊性税务处理方式，对所得税与相应资产计税基础的确定分情形下进行了规定。但是，所得税会计准则与所得税法毕竟站在两个不同的角度。前者以企业实体为核心，强调如实反映企业财务状况与经营成果；后者则站在国家财政角度，强调企业负担的纳税义务。企业合并中综合性地使用所得税准则与税法相关规定时产生的一些问题在现有研究中并没有得到很好地解决。基于此，本文首先对《企业会计准则第18号——所得税》及《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）的相关规定进行剖析，得到本文的制度依据。其次，在对企业合并传统分类的基础上，本文结合一般性税务处理方式与特殊性税务处理方式对合并进行了更加细致的划分。但需要指出的是，本文并没有贪大求全，将研究定位在所有合并类别之上，而是将研究范围限定在问题比较突出的领域，即同一控制下控股合并与非同一控制下吸收合并中。本文讨论了合并相关主体会计核算中需要注意的特殊之处，并重点解决特殊性税务处理方式下，非100%股权支付时，相关会计主体的所得税计算与相应资产计税基础的确定问题，并在此过程中指出了特殊性税务处理方式的实质。最后，本文将分散在全文不同地方的观点加以汇总和提炼，得到本文最终的研究结论。