鲃亚科(Barbinae)隶属于鲤形目(Cypriniformes)鲤科(Cyprinidae)，在中国分布有27个属，共约105种和亚种。其中，云南有15个属62个种，主要分布于澜沧江、元江、怒江、南盘江和金沙江水系。前人从形态分类学的角度对鲃亚科内各属间的系统发育关系进行了分析，认为四须鱼巴属是最原始的属，再由四须鲃属分化出其它物种。在分子水平对鲃亚科内不同属间的系统发育关系也进行了探讨，但因所用的分子标记有限，整个鲃亚科的系统发育关系仍不清楚，有待于进一步研究。 本文测定了鲃亚科四须鲃属(Barbodes)、结鱼属(Tor)、裂峡鱼巴属(Hampala)、光唇鱼属(Acrossocheilus)、长臀鲃属(Mystacoleucus)、突吻鱼属(Varicorhinus)和短吻鱼属(Sikukia)7个属12个物种共22个样本的线粒体DNACyt b基因524bp和ND4基因418 bp序列。所有序列没有插入或缺失。结合前人已经测定的该亚科金线鲃属(Sinocyctocheilus)的抚仙金线鲃(S.tingi)和高肩金线鲃(S. altishoulderus)的相同基因片段序列，并以鲴亚科(Xenocyprinae)鲴属(Xenocypris)和圆吻鲴属(Distoechodon)的物种为外类群采用最大简约法、最大似然法及邻接法构建了鲃亚科鱼类的分子系统发育树。基于研究结果，对比前人的有关研究成果进行分析，得出以下结论： 1．四须鲃属是鱼巴亚科中较早分化出来的这一说法有待从形态、地质化石资料和分子水平上做进一步研究； 2．四须鲃属与光唇鱼属有较近亲缘关系； 3．不支持四须鲃属和长臀鲃属亲缘关系较近这一观点； 4．支持月斑长臀鲃和长臀鲃是一个种的观点； 5．不支持棱四须鲃是云南四须鲃一个亚种的观点，而支持棱四须鲃不是云南四须鲃一个亚种的观点。