亲和毛细管电泳是一种崭新的生物分析技术，它将亲和作用特有的选择性和毛细管电泳的高效结合起来。自从20世纪90年代初期一经出现，亲和毛细管电泳即被广泛地应用来研究药物、酶、抗体、核酸等分子之间地相互作用，特别适用于测定表征分子之间相互作用的参数，比如结合常数。通过这种方法测得的结合常数能够解释分子之间相互作用的方式和强度，为基于分子识别的应用提供有价值的信息，比如应用于新药的发现和筛选。本文用毛细管电泳法研究了环糊精与几类典型的小分子化合物的亲和作用，以环糊精及其衍生物作为主体化合物，小分子化合物作为客体化合物，用亲和毛细管电泳法测定了它们之间的结合常数，并探讨了它们相互作用的机制。测定了羧基荧光素位置异构体(5-羧基荧光素和6-羧基荧光素)与(-CD之间的结合常数，表明羧基荧光素位置异构体性质的不同，同时研究了pH对羧基荧光素位置异构体与(-CD结合作用的影响。测定了烟酸类化合物(6-氯烟酸、6-羟基烟酸和异烟酸)与(-CD之间的结合常数，分析了它们与(-CD包结能力不同的原因，指出了用(-CD作为添加剂分析烟酸类化合物的最佳条件。建立了亲和毛细管电泳法在二元环糊精体系中测定(-CD与中性化合物的结合常数的方法，测定了(-CD与萘类化合物(1-萘胺、1-萘酚和2-萘酚)的结合常数，说明了1-萘酚与(-CD结合能力强的原因，并将测定结果与文献中光谱法的测定结果进行了比较，说明本文的方法是可靠的。用亲和毛细管电泳法拆分了手性药物(心得安、扑尔敏和异博定)，用二元环糊精体系法测定了(-CD和它们的结合常数，观察到了二元环糊精体系拆分扑尔敏时的“协同效应”，指出了手性拆分的最优条件。