自然资源对于人类是重要且稀缺的,如何合理有效地利用自然资源是人类共同面临的问题。从法经济学角度分析,合理地利用自然资源需要引入自然资源物权制度。我国法律虽然明确了自然资源的所有权,但对自然资源的利用权利却规定不清楚。各单行法主要是行政管制法,《物权法》规定过于简单,缺乏整体性。本文基于“物决定权利”的原理,以归纳推理的方式,先从客体物进行分析,得出自然资源的三种利用方式:对空间的利用,即把自然资源作为基本的物质载体;对自然资源本身的利用,即利用自然资源自身的生产能力;对土地等资源成分的利用,即对物采掘。结合物权法原理及现有条文,可构建为三种物权性的利用权利:建设用地使用权、土地(水域、海域)承包经营权、资源利用权。建设用地使用权是在他人土地上建造建筑物,并取得建筑物的所有权,阻却土地的所有权人基于添附取得建筑物所有权,是一种典型的用益物权。土地(水域、海域)承包经营权赋予了承包经营人进行经营活动并收获其劳动成果的权利,属于我国法律中已规定的用益物权。资源利用权是一种排他地开采土地、水域、海域成分,并取得开采出来的资源性产品的权利,对这种权利的定性存在争议。对资源利用权的定性,学术界的争议主要集中在三方面:客体的不特定性、行政许可的介入、利用方式上消耗性地使用。本文认为资源利用权的客体虽然有一定的流动性,但仍可以通过一定的标准予以特定。行政许可的介入是权利取得的条件之一,但并不影响民事权利的定性。而从比较法的角度考查,用益物权是可以适用于消耗物的。同时,根据解释学的原理,结合我国现行《物权法》的规定,将资源利用权定性为用益物权更为合适。在体系的分论部分,本文简要介绍三种自然资源用益物权的权利结构、内容特殊性及所包涵的具体权利,比较并厘清一些本文认为不恰当的概念,如“水权”和“渔业权”,并提出探矿权在性质上不属于自然资源用益物权。在权利行使方面,三种自然资源用益物权之间因客体纵向排列结构及权利行使内容重叠的缘故,建设用地使用权与资源利用权、承包经营权与资源利用权、资源利用权与资源利用权之间会产生冲突。结合法理及法律的规定,本文提出三种解决方案:先成立原则、自愿协商原则、重要项目优先原则,以保证各项自然资源用益物权的合理有效行使。