进入21世纪后,随着科技的高速发展,药物发现技术也在做着不断的变革。随着现代计算机技术的突飞猛进,生物信息学、信息处理和转换、化学信息学等学科也得到了充分发展。而遗传性、药物化学、生物化学、分子生物学、药理学、结构化学等学科与计算机科学进行了交叉渗透和融合后,诞生了一门主要依靠计算机进行新药设计与开发的新学科——计算机辅助药物设计。蛋白质广泛存在于生物体中,一切生命活动几乎都离不开蛋白质-肽之间的相互作用。因此,药物设计常常使用相互作用的蛋白质作为药物靶标的重要来源。论文针对从靶标蛋白截取多肽作为药物先导物这一药物设计常用方法提出诸多问题。以计算机模拟为主要手段,对方法中一直被忽略的问题(如:背景残基在多肽结合中的作用,多肽构象变化对体系结合的影响等)做了系统的调研。本文共选取六组肽-蛋白质体系进行动力学模拟,尝试从结构、轨迹、能量三个方面解释和概括影响肽-蛋白质结合的问题和因素,同时可以为多肽药物设计提供切实的理论指导。综上所述,本论文的研究工作主要分为以下几个部分:首先,为了系统全面的研究侧链残基对肽-蛋白质相互作用的影响,我们从PDB蛋白数据库中筛选了六个不同的蛋白质体系进行截取处理后,对截取的多肽和蛋白质进行分子对接。而半柔性对接结果表明:截取后的多肽分子与蛋白质受体在能量和构象上仍有较多的契合度。为接下来对肽-蛋白质体系进行动力学模拟分析肽链的柔性问题提供了充分的理论依据。为了理清侧链残基在肽-蛋白质结合过程中所起的作用,我们将截取后的体系与原体系一同进行动力学模拟后并对其轨迹进行分析。在RMSD和动力学轨迹分析的过程中。截取前后稳定性差异较大的1JU5、1UEL、2SNI这三个引起了我们的注意。为了研究截取前后差异的原因,将对这些体系继续更进一步的分组,并对每个分组进行了分子动力学模拟、MM/PBSA、残基能量分解等。从结构、能量两个方面阐明肽-蛋白结合的机制问题。为多肽药物设计提供理论支持。