自20世纪40年代以来,系统论已成为人们正确认识世界的一种科学方法,它并不是一个单一学科,而是指以系统为研究对象的学科群,广泛渗透到自然科学和社会科学之中。本文从科技创新的主体切入,将科技创新主体界定为参与科技创新活动的主要实体,包括政府、企业和高校。运用系统基本性质和基本理论对创新主体进行全面的剖析。首先,对政府在科技创新活动中扶持和干预两方面进行研究,政府对科技创新提供资金和政策的支持,在市场失灵条件下政府对其他创新主体和创新环境加以约束和控制。其次,研究高校主体在科技创新中的保障,高校具有知识创造、传播、转移和培养创新人才两个职能特征,在对其研究中必须牢牢把握这两方面的内容,知识的创造和传播有其内在的组织形式,而人才的培养是一个庞大的系统工程。第三,由于企业创新以追求最大利润为根本目的,是科技创新主要活动形式,企业在科技创新中的主导地位也是显而易见的。企业组织结构系统的构建是对企业内部要素的本质性分析,更好的加强各要素间的紧密性。由于在市场需求的拉动下企业进行创新活动,因此,在分析企业作为创新主体时,我们需要考虑企业组织结构系统的特征,同时也要考虑外界市场的环境条件,以保证企业创新高速有效的发展。文章最后是对各创新主体之间的联系与协同关系进行的研究和分析,构建出政府引导,其他创新主体参与合作的混合型产学研网络化运行模式。