新疆生产建设兵团（后文简称“兵团”）基本医疗保险体系作为兵团社会保障系统中重要的组成部分,在增进社会福利、维护社会稳定、帮助群众抵御疾病风险方面起着不可小觑的作用。随着全国逐步深化医疗改革,不断推进医疗保险统筹层次,兵团也跟随国家的步伐实行多种改革政策,探索统筹之路,但在这个过程中,兵团医疗保障体制也暴露出了一些问题,例如兵团的特殊的历史使命、经济体制、地理环境以及人口比例等因素等都影响着兵团医疗保险的运行及统筹发展。目前兵团基本医疗保障已经实现“低水平、广覆盖”的基础目标,但仍然需要不断调整医保政策,建立覆盖全兵团乃至全疆的医保体系。而职工基本医疗保险作为兵团基本医疗保险体系的一个不可或缺的子系统,不但帮助参保职工抵御疾病风险,提高了广大职工的生活质量,降低了患病职工享受医疗服务的成本,同时也有利于实现社会公平,缩小兵团下属各师市城镇职工基本医疗保险运行差异是提高兵团城镇职工基本医疗保险统筹层次继而实现兵团基本医疗保险体系团级乃至省级统筹的必经之路。本文采取了文献研究法和实证研究法,衡量了新疆生产建设兵团城镇职工基本医疗保险的运行状况并探寻其影响因素。首先,本文介绍了新疆生产建设兵团的基本情况及其城镇职工基本医疗保险的发展历程和运行现状;之后根据国内外学者的相关文献并结合兵团的实际情况,确定了测算新疆兵团城镇职工基本医疗保险运行效率的各项指标,综合运用DEA-Malmquist模型衡量了兵团城镇职工基本医疗保险的运行效率,并在此基础上使用Tobit模型对多个外部因素进行回归分析;最后得出了兵团职工基本医疗保险运行效率受到职退比、职工工资收入、教育水平以及医疗服务水平等多种外部因素影响的结论,并以此提出相关的对策建议。