在突发公共卫生事件的应对中,公权力机关的应急权延伸到公民基本权利领域,使公民基本权利受到限制。此次疫情的突发,为公民的生命带来严重威胁,给国家治理和法治工作带来了挑战。在此次疫情的应对中,我国公民权利根据《传染病防治法》、《突发事件应对法》等法律法规的规定而受到相应的限制,受到限制的权利包括公民的人身自由权、隐私权等权利。为了更好地应对突发公共卫生事件和保障人权。首先,有必要对新冠肺炎疫情应对过程中限制公民权利的必要性和法律原理进行探讨,明晰突发公共卫生事件应对中对权利限制的底线,使其不致演变为对公民权利的排除和侵害。其次,梳理新冠肺炎疫情应对过程中对公民权利限制的立法现状与存在的问题,总结美国、韩国和新加坡的经验和教训,有助于反思我国突发公共卫生事件应急管理的法律制度。在反思的基础上,明确突发公共卫生事件应对中权利限制的边界,即贯彻法律保留原则、比例原则以及不得克减的公民权利。再次,针对突发公共卫生事件应对中限制公民权利的法律法规不完善等问题,提出完善行政应急权限制公民权利的法律规定,通过立法明确不同参与主体职责的建议。最后,针对新冠疫情应对中限制公民人身自由权时,存在的个别公权力机关随意扩大被限制人身自由权主体范围等问题,提出完善相关法律法规、明确实施隔离措施的最低人权保障标准、加强对隔离措施实施全过程的监督的建议;对疫情应对中隐私权限制存在的过度收集公民隐私等问题,提出在疫情防控中应划分主体来确定对隐私权的限制程度的建议;对疫情应对中财产权限制存在的征用主体、标准等法律规定不一致,征用权下放过多等问题,提出政府应当严格遵循《立法法》的规定,以《传染病防治法》为特别法优先适用等一系列具体建议,以期待更好地应对突发公共卫生事件和保障人权。