科学与形而上学的关系，作为科学哲学研究领域的核心内容之一，应该随着时代的演进而不断被反思，保持与时俱进。在科学飞速发展、思维方式转型的背景下，尤其有必要用新的思维方式重新审视科学和形而上学的相互关系。 人们以往对科学和形而上学关系的看法是片面的和简单化的，实证主义和经验主义坚持科学的绝对性，坚持科学和形而上学的严格划界，否认形而上学对科学的积极作用；后现代主义和相对主义则坚持另一个极端，片面夸大形而上学的作用，否认科学的客观性和真理性。本文以复杂性思维作为主导思维方式，对这两种错误观点进行了梳理和批判，并试图描述一种新型的科学和形而上学的复杂性关系，尽可能地再现其真实关系。 本文层层深入地对科学和形而上学的复杂性关系进行了展开和论述。第一部分在对历史进行回顾追溯的过程中批判了在科学和形而上学关系上的两种错误观点，以批判的形式初步论述了科学和形而上学相互关系的复杂性。第二部分详细论述了科学和形而上学之间的复杂性相互作用，从相互作用这个重要方面进一步揭示了它们的关系的复杂性。既论述了形而上学对科学的正面的与负面的影响，也论述了科学对形而上学的积极的和消极的作用，并设专门的章节来论述其相互作用的复杂性。第三部分通过探讨它的复杂性特征较为全面地论述了科学和形而上学相互关系的复杂性。其基本特征主要是：多样性、矛盾性、动态性和随机性等。第四部分把爱因斯坦的相关思想作为一个典型案例来剖析，阐述了他的宇宙宗教感情、两面神思维和探索性的演绎法，这其中体现着爱因斯坦对科学和形而上学复杂性关系的深刻理解和在实践中的准确把握。 本文认为，形而上学是科学之所以可能的一个主体条件，同时又是科学发展的一个限制性条件，但是，科学和形而上学之间既不是简单的融合也不是简单的对立，它们的关系具有复杂性：科学和形而上学既相互渗透又互相反对，既相互制约又相互诱导，其作用方式和作用效果又是多重的、有差别的、复杂的，这既取决于具体的科学理论又取决于具体的形而上学学说。科学和形而上学的相互作用只是其相互关系的一部分，科学和形而上学的相互关系是多种多样的，呈现出多维的复杂网络状结构。