【摘 要】
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随着测序技术的不断发展,尤其是二代测序技术（Next-Generation Sequencing,NGS）,使得越来越多的基因组得到了解析,为进一步的研究提供了参考和帮助。大莎草（Eleocharis baldwinii）属于单子叶植物、莎草科,可水生和陆生。早期的研究结果显示其在不同的生长环境中光合作用方式也不相同:水生环境下,光合作用方式为C3-C4中间型;陆生环境下则为C4型。目前对该物种的
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随着测序技术的不断发展,尤其是二代测序技术（Next-Generation Sequencing,NGS）,使得越来越多的基因组得到了解析,为进一步的研究提供了参考和帮助。大莎草（Eleocharis baldwinii）属于单子叶植物、莎草科,可水生和陆生。早期的研究结果显示其在不同的生长环境中光合作用方式也不相同:水生环境下,光合作用方式为C3-C4中间型;陆生环境下则为C4型。目前对该物种的研究还很匮乏,尤其缺少该物种的完整基因组信息。本研究利用Illumina Hiseq2000测序仪对大莎草进行基因组测序,并应用生物信息学方法对其进行组装和注释工作。主要分析结果如下:1)应用ALLPATHS-LG对测序得到的数据进行从头组装,使用Gap Closer填补Gap,最后得到Contigs和Scaffolds的总大小分别为713.35M和905.9M,N50分别为14.8 kb,350.2kb.2)使用Repeat Masker,Repeat Modeler,repeatscout,ltr＿finder和TRF等软件进行基因组重复序列的注释。结果显示该基因组含有大约312.7M的重复序列,约占已组装出来基因组的33%。3)结合从头注释及同源比对的方法,进行基因结构预测和功能注释。我们对基因结构预测使用的主要软件是Augustus,SNAP,Gene Mark＿ES,exonerate,PASA及EVM,而功能的注释则主要通过与Inter Pro,KEGG,swiss＿prot,Trembl等数据库以及其它植物的蛋白进行序列比对。预测得到31,904个可编码蛋白的基因,其中28,476个（89.26%）得到功能注释信息。4)对ncRNA进行注释,使用t RNAscan-SE预测t RNA,将组装好的基因组通过Infernal比对Rfam数据库中识别sn RNA,sno RNA和mi RNA,r RNA的预测则是通过与其它植物的r RNA比对。最终分别得到281、175、755、124和122个mi RNA,r RNA,t RNA,sn RNA和sno RNA.5)将测得的陆生和水生环境下的RNA-seq数据比对到已注释好的基因组上,鉴定差异表达基因,并对其进行GO和pathway富集。总共鉴定出7,032个差异表达基因,分别有5,336和1,696个基因在水生和陆生状态下表现上调。
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根癌农杆菌（Agrobacterium tumefaciens）不仅是一种植物病原菌,而且在转基因技术与基因功能研究中也有着广泛地应用。在农杆菌侵染过程中,根癌农杆菌至少会向植物宿主细胞转运5种毒性蛋白（Vir E2、Vir E3、Vir F、VirD2、VirD5）。农杆菌通过毒性蛋白和植物蛋白间各种各样的相互作用来促进自身的侵染过程,植物也可以通过这种蛋白间的相互作用来抵御农杆菌的侵染。本实验
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