跨界河流污染是水环境污染的一个重要方面，我国有着丰富的跨界水资源，多年来，围绕着经济增长的地方竞争容易引起对资源和环境的“逐底竞争”，加之各大流域的“属地管理”原则使得流域管理机构难以发挥作用，导致我国易形成上游地区对下游地区的“搭便车”行为，跨界河流污染事故频发，成为制约经济社会和谐发展的重要环境问题。针对上述问题，本文基于2004-2013年9大水系重点监测断面水污染监测指标周度数据，使用最小二乘法(OLS)和最邻近匹配方法(Nearest Neighbor Matching)，考察了行政边界对河流污染程度的影响，其中，监测指标分别为净pH值、溶解氧DO、化学需氧量COD、氨氮NH3-N;“十一五”和“十二五”期间中央政府出台了一系列节能减排政策，特别是将水污染指标COD和NH3-N先后纳入地方政府的约束性考核指标之中，针对此，本文利用双重差分法检验了减排政策对“行政边界效应”的改善作用。研究结果显示，除了DO的估计结果不稳定以外，对于其他三项污染指标，不论是OLS回归还是的最邻近匹配法都证实我国跨省界河流确实存在较为明显的“行政边界效应”，其中，净pH值的边界监测点的污染水平比非边界监测点高出16％，COD的边界监测点的估计值高于非边界监测点105.02％，NH3-N的边界监测点比非边界监测点高出90.02％。双重差分估计的结果表明，“十一五”和“十二五”期间出台的节能减排政策的确能够有效缓解严重的“行政边界效应”，但仅限于纳入约束性考核指标的COD和NH3-N。本研究对于逐步弱化经济考核，规范地方考核办法，鼓励区域间环境合作治理以及出台合理的生态补偿方案都具有重要的政策含义。