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为了弄清皿蛛科的系统发育关系，我们选择了线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ基因和核18SrRNA基因作为系统发育研究中的分子标记。本项研究应用DNA序列测定技术对来自广东、湖北、江西、云南等省的9属23种皿蛛及1个园蛛科和一个球蛛科外群的COImtDNA基因和核18SrRNA基因部分DNA序列进行了测定，并从Genbank上下载了4种皿蛛的同源序列。结果表明：
对皿蛛科盖蛛属15种蜘蛛和一个外群用COImtDNA进行分析发现，鹤嘴盖蛛没有被归入哈氏盖蛛组，可能是由于鹤嘴盖蛛与同组其他三种蜘蛛属于不同的动物地理区系所致。
对皿蛛科蜘蛛构建的系统树都将它们分为了两个类群，其中一个类群与形态分类中的皿蛛亚科相对应，包括了传统形态分类中盖蛛属、盾蛛属和皿蛛属的种类；另一个类群包括了形态分类中微蛛亚科的几种和皿蛛亚科斑皿蛛属和苔蛛属。同时本文的研究结果也支持将中华盖蛛和黑斑盖蛛从盖蛛属中分出。
COImtDNA基因和核18SrRNA基因在研究皿蛛科系统进化方面是较有用的基因，然而其序列所提供的遗传信息尚不足以得出完全正确的系统树。我们认为对于系统进化研究，增加分类单元，增强分类单元的代表性，进一步分析比较更多的DNA序列，是十分必要的。