随着当今世界的经济全球化和区域一体化趋势越发明显,城市之间的竞争不再仅仅是单个城市的竞争,而越来越表现为以核心城市为中心的城市集团的竞争。2018年11月5日,习近平总书记在首届中国国际进口博览会上宣布,支持长江三角洲区域一体化发展并上升为国家战略。为实现发展目标,政府强化创新驱动,投入大量资源支持长三角创新发展。但相比于硅谷、英国伦敦城市群、波士顿—纽约—华盛顿城市群等世界典型科技创新城市群,长三角存在着缺乏国际竞争力、先进制造业发展步伐缓慢、高质量科研成果不多且普遍缺乏全球影响力等问题。作为技术要求最高的产业部门,制造业是发展先进技术的重要载体,制造业转型升级的主体是企业,关键是提升企业的创新效率和能力。在区域一体化背景下,本文以长三角制造企业为研究对象,分析其创新效率现状,并探索外部环境对制造企业创新效率的影响,提出提高企业创新资源配置效率、提升区域总体科技创新水平的相关政策建议,对促进长江三角洲区域一体化发展具有一定的理论和现实意义。在归纳总结国内外学者有关创新效率研究成果的基础上,采用三阶段数据包络分析(DEA)模型,借助各企业公司年报和国泰安(CSMAR)平台收集了2015—2017年长三角三省一市281家制造业上市公司相关数据,从投入与产出角度评价与分析了长三角制造企业的创新效率,并根据王小鲁、樊纲、胡李鹏编制的中国市场化指数深入探究制度环境对长三角制造企业创新效率的影响。结果表明:(1)长三角制造企业创新效率总体偏低;(2)长三角制造企业创新效率存在明显区域和行业差异;(3)制度环境显著影响长三角制造企业创新效率。最后,本文针对相关研究结论提出了若干政策建议:(1)加速区域一体化、推动细分产业协同发展;(2)优化制度环境,降低企业研发风险;(3)发挥地区独特优势、进行有效资源配置。