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口虾蛄隶属于虾蛄科，口虾蛄属，广泛分布于印度洋-太平洋海域。口虾蛄因其肉味鲜美和营养丰富，是一种具有较高经济价值的优良野生品种。对采自皮口、绥中、青岛和广州4个海域的口虾蛄群体的线粒体CO I基因序列进行扩增和测序，比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。研究获得585bp的口虾蛄线粒体CO I基因序列，变异位点54个，占总位点数的9.2%。CO I基因序列A+T含量（64.8%）显著高于G+T含量（35.2%），符合节肢动物线粒体DNA碱基组成的特点。转换与颠换的平均比值是7.84，碱基替换未达到饱和。100个样本的线粒体CO I基因序列共定义35个单倍型，单倍型多样性（Hd）为0.9616，平均核苷酸多样性（π）为0.02027。4个群体均具有高的单倍型多样性和低的核苷酸多样性的特点，说明4个海域口虾蛄的遗传多样性均处于中等水平，但广州海域的遗传多样性水平最高。AMOVA分析表明，来自于群体间的遗传差异（84.53%）明显高于来自群体内的差异（15.47%）。遗传分化系数（Fst）表明皮口、绥中、青岛3个海域间几乎没有发生分化（Fst＜0），而广州海域口虾蛄遗传分化较大。从Genbank上下载了19条粤东海域口虾蛄的同源序列与本实验获得序列共同构建NJ系统发育树，结果显示皮口、绥中、青岛聚为一支，广州和粤东（深圳和汕尾）聚为另一支。单倍型系统发育树和单倍型进化网络关系图均显示出广州海域口虾蛄群体较大的遗传分化。本研究分析了4个群体的遗传多样性和遗传结构，为保护和合理开发利用口虾蛄野生资源提供分子生物学依据。本文利用通过高通量测序技术获得的口虾蛄转录组序列设计微卫星引物。在获得的98818条Unigene序列中共发现19050个SSR位点，分布在13309条Unigene中，发生频率为13.5%，其中有3563条Unigene含2个及2个以上的SSR位点。从转录组数据库中选取双碱基重复次数在14次以上，三碱基重复次数在7次以上，四碱基重复次数在6次以上，五碱基和六碱基重复次数在5次以上以及复合型的微卫星，根据其两端的侧翼保守序列，利用NCBI上的Primer-Blast设计引物。用采自皮口、绥中、青岛和广州的口虾蛄提取基因组DNA，经PCR和聚丙烯酰胺凝胶电泳的筛选，最后获得条带清晰和多态性好的引物10对，为进一步研究口虾蛄的遗传多样性，系统发育和分子标记辅助育种等奠定基础。