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所谓DNA计算，主要是通过DNA分子之间的特异性杂交来完成的。具体过程是将信息通过编码形成DNA串进行输入，并在试管内经过生物化学反应，这样就能从反应后的溶液中得到需要的解。因此，编码问题的研究是DNA计算的首要问题，它的好坏会关系到DNA计算得成功与否及DNA计算的效率。就目前来说，虽然DNA计算模型种类繁多，但是还没有一种编码能同时满足不同模型的需要，因此就很需要借助现代技术手段，如计算机辅助生物软件，从而最大限度保障实现的可能性。
虽然目前DNA计算中编码问题的研究已取得了一些进展，可以在一定程度上克服生化反应中的不确定性，避免假阳性与假阴性解的出现，但是研究的深度和广度都还有所欠缺。在理论研究的深度方面，所有的单独约束条件下的码的界的还没有给出完整的具体的数值，比如A4(n，d)等，目前当n值较小时，可以得到一些码的准确值，但当n值增大时，准确值的取值范围迅速扩大，使得确定其具体的值变得困难。在理论研究的广度方面，目前对组合约束下的码的界的研究大多数还停留在对下届的提高上，即使当n值较小时，也没给出具体的数值，只是给出一些粗糙的上、下界，并且对组合约束下的码的界的理论研究也不全，很多组合条件的界目前还没有深入研究，比如A4(n，d)+A4RC(n，d)+A4C(n，d)等，但是这些组合条件在实际中却是必须被考虑进去的。
本文是在充分掌握DNA分子结构与性质、DNA计算的生物机理和数学机理、DNA计算设计的生化实验操作以及相关的生物酶的基础上，充分利用DNA分子的生物学特征，针对DNA编码序列设计问题，给出汉明距离、H距离、Levenshtein距离及热力学约束相结合的组合约束条件下的DNA编码界的理论与算法。