“小金库”扰乱了经济秩序,严重影响了行政事业单位的职能作用发挥,已成为违法违纪贪污行为滋生的土壤以及国有资产流失的黑洞,具有很大的危害性。治理“小金库”是深入贯彻落实科学发展观的具体体现,是各行政事业单位完善制度、深化改革的客观要求,是推进反腐倡廉建设的重大举措。要想从根本上解决“小金库”问题,必须从源头上找办法,将专项治理与长效机制结合起来,坚持标本兼治、堵疏结合、惩防并举、综合治理的方针。因此,对于我国行政事业单位防治“小金库”长效机制建设的研究具有一定的理论和现实意义。首先,对行政事业单位防治“小金库”的现状进行了分析。先界定了“小金库”的内涵,归纳了行政事业单位“小金库”的特点及危害,以及基于“小金库”治理现状,从主观和客观两个方面分析了“小金库”问题屡禁不止的主要原因。其次,从行为动因和博弈论两个视角,对防治“小金库”进行了分析。分析了“小金库”的行为动因,揭示了基于行为动因的“小金库”防治机制,即建立健全内控制度,降低“小金库”操作空间,加强制度的执行力,遵从制度将得以奖励,违背制度将得以处罚,并加以宣传教育,进而分别从降低期望值和降低效价两个角度降低“小金库”行为动力；建立了“小金库”产生的博弈模型,提出了基于博弈论的“小金库”防治机制,即无论是对“小金库”行为者的处罚,还是对监管者懈怠的处罚,都是建立在单位内控制度健全的基础上,因此,建立健全单位内控制度是建立防治“小金库”机制的基础。构建从内部监督到上级监督、财政监督、纪检监督直至群众监督的监督链,是防治“小金库”长效机制发挥作用的关键。并进而得出行政事业单位防治“小金库”长效机制框架以完善制度与执行制度为基础,以加强监督为着力点,以宣传教育为支撑。以此作为后文实证研究的基础。最后,以C事业单位为实例,分析了C事业单位防治“小金库”的现状、对C事业单位防治“小金库”长效机制建设主要内容进行了设计,并阐述了C事业单位防治“小金库”内控制度的主要内容,较深入地对C事业单位防治“小金库”长效机制建设进行了实证研究。指出了C事业单位防治“小金库”长效机制建设时应当建立健全防治“小金库”内控制度体系,建立长效监督机制,提高思想认识；并提出了在财务内部控制的具体方案。