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严重急性呼吸道综合症(SARS)的病原体，被证实是一种新型的冠状病毒(SARS-CoV)。尽管关于SARS-CoV的病原学及分子生物学研究取得了突飞猛进的巨大成果，但人们对于SARS-CoV的宿主源至今仍不清楚。如果对自然宿主的分布和传播途径不清楚，就很难阻止和控制SARS的再次爆发。据此，本论文从以下五方面展开了研究。
第一章以文献综述的形式简单介绍了SARS及SARS-CoV的背景，主要包括SARS的病理学特征，SARS-CoV的基因组结构及编码的主要结构蛋白，SARS-CoV的受体，相关动物溯源研究，以及SARS-CoV的实验室检测现状。最后说明了本论文研究的内容和意义。
第二章开发并优化了一种基于一步法实时荧光定量RT-PCR的SARS-CoV核酸检测系统，并针对SARS-CoV的所有基因，分别设计不同的引物和探针，通过使用EvaGrcenTM染料法和Taqman-MGB探针法，对SARS-CoV感染的Vero E6细胞上清及沉淀分别定量，来综合评估不同引物及探针检测灵敏度和特异性的差异，同时GAPDH基因被用作内参对照。结果显示基于S基因的引物及探针检测灵敏度最高，但由于S基因在不同物种间的保守程度不如N基因，致使基于N基因的引物及探针在检测过程中也可广泛使用。对比显示细胞沉淀中mRNA水平显著高于上清中，故更适合于用作检测标本。
第三章从2003年至2006年，通过一步法实时荧光定量RT-PCR的方法，对湖北西部地区人工饲养的果子狸携带SARS样冠状病毒的情况进行调研，检测样品中病毒核酸的携带情况，并绘制病毒核酸载量的时间曲线。结果显示，该地区养殖场的果子狸，从2003年至2006年，携带SARS样冠状病毒的拷贝数呈逐渐下降趋势，但统计学结果显示该差异并无显著性(P＞0.05)。
第四章基于第三章的研究结果，将采集于2004年至2006年的湖北家养果子狸，通过一步法实时荧光定量RT-PCR检测SARS样冠状病毒核酸呈阳性的部分样品，其部分结构蛋白进行序列分析。结果显示在部分阳性样品的M蛋白内出现E11K/F27C/N215D三个突变点，N蛋白内出现R196G/E217K两个突变点。酵母双杂交结果显示mut196/217-N蛋白的自我相互作用亲和力，仅为wt-N蛋白自我作用力的40％。同时，wt-M及mut11-M蛋白，可以检测到与wt-N及mut196/217-N蛋白发生相互作用，而mut27/215-M蛋白与wt-N及mut196/217-N蛋白均检测不到相互作用，免疫共沉淀的结果也证实了这一现象。
第五章血管紧缩素转化酶-2(ACE2)基因分离自貉的心、肝、脾、肺组织混合样品，序列比对结果显示其与犬、人、及果子狸ACE2的同源性分别达99.26％，83.87％，及89.21％。通过一种基于MMLV的假病毒系统，我们构建了稳定表达貉ACE2蛋白的HeLa细胞系，同时，五株具代表性的，分别来源于人、果子狸、及貉的SARS-CoV假病毒使用另一种基于HIV的假病毒系统得到。通过比较人、果子狸、及貉ACE2蛋白在介导这三种物种来源的SARS假病毒进入细胞效率的差异，我们发现貉ACE2能作为SARS-CoV的受体，其介导人源SARS-CoV，而非果子狸及貉来源的SARS样冠状病毒进入细胞的效率，要高于人及果子狸的ACE2，同时，貉来源的SARS样冠状病毒感染果子狸ACE2的效率要高于其感染人及貉的ACE2。