1901年,徐树铮到山东投奔袁世凯不成,巧遇段祺瑞,并深得其赏识,成为段的“军师”,“灵魂”,从此开始了徐、段之间长达二十五年的密切交往。深受儒家忠孝节义思想熏陶的徐树铮抱着“士为知己者死”的心态,忠心耿耿极力辅佐段祺瑞,段祺瑞则怀抱“用人不疑,疑人不用”的原则,对徐几乎言听计从,给徐树铮以充分施展才华的机会和舞台,这就决定了徐树铮在段派即皖系的兴衰成败中必然起决定性作用。辛亥革命中,徐树铮替段出谋划策暗杀了吴禄贞,稳定了北方局势,为袁世凯安心对付清廷和南方革命党提供了前提条件。接着徐“运筹帷幄,促成段氏领衔之北洋军人共和请愿,”迫使清廷乖乖和平交权,为段赢得“一造共和”的美誉,并深得袁世凯的信任,为皖系崛起奠基。面对袁世凯的帝制活动,徐树铮极力鼓动段祺瑞不附和,不支持,进行抵制,段遂照此计行事。及至袁世凯在四面楚歌中死后,由于段祺瑞对帝制的抵制,为其赢得了“二造共和”的美誉,成为国内各方可以接受的人物。段也由此得以组阁,成为国务总理,并掌握实权,皖系统治得以建立。袁世凯死后,继任大总统黎元洪,与国务总理段祺瑞展开了争权夺利的府院之争,徐树铮代表段祺瑞冲锋在前,替段排挤北京政府中的非北洋派,为段揽权。最终黎段双方在是否对德参战问题上,矛盾激化。黎元洪不但和国会中的国民党势力联手阻挠段祺瑞的参战案通过,而且悍然免除段祺瑞的国务总理之职。为复段职,徐树铮在张勋主持召开的徐州会议上设圈套替段策动了利用张勋解散国会、赶走黎元洪的“张勋复辟”事件。接着又策划了讨伐张勋的“讨逆军”行动。不但为段赢得了“三造共和”的美誉,而且使段得以重回权力舞台,又任国务总理。张勋复辟后,直系首领冯国璋继任总统。总统冯国璋和总理段祺瑞之间围绕怎样对付孙中山和西南军阀在南方的另立政权,又出现了第二次府院之争。段祺瑞、徐树铮极力主张武力统一,冯国璋为了利用南方对付皖系,主张和平统一。由于直系的阻挠,导致皖系推行的武力统一政策失利,段祺瑞被迫辞职。为了恢复段祺瑞内阁,推行武力统一政策,皖系在徐树铮的策划奔波下对直系主和派进行了一系列反击,其中重大事件主要有二：一是徐树铮通过召开天津会议鼓动督军团反冯；一是徐树铮引张作霖的奉军入关反直。最终迫使直系主和派屈服,段祺瑞得以东山再起,再任国务总理,皖系的武力统一政策复活。由于在地盘和权力分配等方面的复杂尖锐矛盾,虽然徐树铮风尘仆仆,筹划对南战事,但负责对南作战的直系曹锟、吴佩孚并不配合,曹锟从前线返回天津,吴佩孚在湘南和南方签订停战协定。入关的奉军也不肯冲到前线,充当炮灰。皖系的武力统一政策推行不下去。徐树铮认识到为了推行皖系武力统一政策,实现皖系的一统天下,总统冯国璋、直军和奉军是靠不住的,只有积极加强皖系自身政治、军事实力才是上策。为此,徐树铮进行了一系列努力,并取得巨大成效。政治上,徐树铮组织起皖系自己的政党-安福系,并通过安福系包办国会选举,建立起安福系占多数的安福国会,继而通过安福国会不但把主和派总统直系首领冯国璋赶下台,而且操纵国务院的内阁人事安排；军事上,在徐树铮建议下,皖系练成了自己的嫡系部队参战军三个师,徐树铮自己亲自编练起皖系的另一支嫡系部队-西北边防军,后来两支部队合并为西北边防军,徐树铮任总司令。地盘上,徐树铮收复了外蒙,控制了热河、察哈尔、绥远、内外蒙等广大地区,为皖系开辟了一块根据地。由此以来,皖系在徐树铮的努力之下,势力空前强大,进入鼎盛时期。由于皖系的独大,其它各派系感到前所未有的威胁,它们以直系为首联合起来,共同对付皖系。这样,直皖战争爆发。结果以反皖同盟的胜利,皖系的失败而告终。徐树铮苦心经营的西北边防军灰飞烟灭,安福系也被解散。这样,皖系衰落,沦为配角,再也无力与直、奉两系抗衡。虽然遭此重大挫折,但徐树铮并不甘心失败,积极为复兴皖系而努力。徐树铮和孙中山方面联合,在福建延平,成立建国军政制置府,企图以福建作为皖系的复兴基地,最后以失败而告终。面对直皖战争后,直奉矛盾的恶化,为了打倒直系,徐树铮建议结成段祺瑞、孙中山、张作霖反直“三角同盟”,并在推动孙、段同盟建立中,徐树铮起了关键性作用。在反直“三角同盟”的联合打击下,加上直系内部冯玉祥的倒戈,第二直奉战争以直系失败反直“三角同盟”的胜利而告终。皖系首领段祺瑞被推戴为中华民国的临时执政。徐树铮认为段祺瑞在冯玉祥、张作霖两大势力的钳制下,有名无实,根本不可能真正执政。因此,他以“全权特使”的名义考察欧美日本,以争取西方列强对段祺瑞政府的支持。同时,徐树铮开始谋划北洋派大联合,反冯玉祥国民军,拥戴段祺瑞为总统的计划。于是,徐考察回国后,到杭州联络直系后起之秀孙传芳。徐树铮的计划如果得逞,对冯玉祥来说,毫无疑问,将是沉重打击。冯玉祥当然心知肚明,于是命令自己部下将皖系“灵魂”徐树铮枪杀于廊坊。徐树铮的死,对皖系首领段祺瑞来说,无疑是致命一击。由于没有徐树铮的辅佐,段祺瑞寸步难行,于是“决定引退”,皖系灭亡。总之,由于徐树铮的重要作用,皖系得以兴起、强大,并进入鼎盛时期。由于皖系的强大,其它派系感到严重威胁,它们结成同盟共同倒皖,最终导致直皖战争爆发。皖系失败,皖系衰落。由此可见,传统的所谓皖系“成也徐树铮,败也徐树铮”的观点,在很大程度是不成立的。不但如此,我还要说,假如没有徐树铮的忠心辅佐,皖系首领段祺瑞很难占据民初政坛中心位置十数年。