耐药菌（尤其是耐多药革兰氏阴性细菌）感染对人类健康造成的威胁日益严重。因此,开发新型、高效的抗菌药物迫在眉睫。抗菌肽具有广谱抗菌活性和低耐药性,因而被认为是新型抗生素研发的重要基础。现有研究表明大多数抗菌肽的生物活性与其对细菌细胞膜的扰动或破坏密切相关。因此,针对抗菌肽与细胞膜的相互作用机制进行深入研究有助于理解抗菌肽的生物活性及其相关药物的研发。在本论文中,我们利用分子动力学模拟方法,从真实细菌膜环境的复杂性和抗菌肽的结构特性两个角度出发,对这一重要相互作用机制进行了研究。我们首先以抗菌肽—多粘菌素B为例,研究这一类多肽在不同细菌膜环境中作用方式的差异。我们发现细菌膜中LPS（lipopolysaccharide）的含量是影响PMB作用模式（如插入或吸附）的一个关键因素。对于Re LPS（rough mutant lipopolysaccharide,一种粗糙型LPS）含量较高的细菌膜,多粘菌素B倾向于吸附在膜表面而非插入;然而对于Re LPS含量比较低的膜,多粘菌素B则会发生插膜。在前一种作用方式下,多粘菌素B会破坏Re LPS之间的关联,从而导致脂质流动性显著增加;而在后一种作用方式下,多粘菌素B则会减缓脂质的扩散运动,且容易导致膜的变形。这些研究结果有助于理解多粘菌素B与脂质分子之间相互作用的多样性、特别是真实细菌膜的脂质种类和分子结构复杂性对多粘菌素B作用方式的影响。在此基础上,我们进一步研究了多肽结构特性对抗菌肽与脂膜相互作用的影响。我们采用三种具有不同性质的氨基酸残基（疏水型氨基酸—色氨酸W和缬氨酸V以及亲水阳离子型氨基酸—赖氨酸K）为基本单元,构建三种具有相同组成单元和二级结构、但亲疏水性不同的多肽:K7W6、K2W11和K13W0,并通过分子动力学模拟方法初步研究了三类多肽与膜的相互作用情况。研究结果表明疏水性强的多肽K2W11易聚集且倾向于强烈地嵌入细胞膜内;亲水性强的多肽K13W0倾向分散在水溶液中,仅有少量会吸附在脂质头部;而对于亲疏水残基比例接近的多肽K7W6,疏水作用与静电作用之间的竞争决定了这一类多肽与膜的相互作用方式:K7W6对膜的吸附程度呈现出与其浓度的反关联性。并且,K7W6肽链自身之间的聚集会阻碍其吸附到中性脂膜表面,但却能选择性地吸附到带负电的脂膜上。我们的这些研究有助于理解抗菌肽序列—结构—生物功能之间的复杂关联,并可为新型抗菌肽的设计提供指导。