母乳不仅含有子代生长发育所需的全部营养物质和免疫活性成分,还含有丰富的微生物菌群。母乳微生物对子代的健康具有重要的作用,但有关母猪乳中微生物的系统性研究还未见报道。本研究以30头长大二元杂泌乳母猪的130份乳样作为试验对象,利用荧光定量PCR技术和基于16S rRNA V4可变区的宏基因组测序技术,结合生物信息学分析母猪乳中微生物的动态变化;通过分析母猪乳中常规营养成分含量和微生物相对丰度变化的关联性,探究影响母猪乳中微生物相对丰度变化的原因,为仔猪代乳料的研发和益生菌的开发提供支撑。主要研究结果如下:(1)母猪乳中的细菌共鉴定出12个门,26个纲,54个目,104个科,212个属。在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes,52.73%)、变形菌门(Proteobacteria,25.44%)、放线菌门(Actinobacteria,8.25%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,8.16%)、梭杆菌门(Fusobacteria,2.99%)、软壁菌门(Tenericutes,1.10%)的相对丰度最高,共占总测序量的98.68%。在属水平上,瘤胃菌科(Ruminococcaceae,4.91%)、链球菌属(Streptococcus,4.57%)、梭菌目(Clostridiales,4.66%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.56%)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae,3.12%)和棒状杆菌属(Corynebacterium,3.11%)的相对丰度最高。(2)平均每毫升母猪乳中的链球菌属(Streptococcus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)和葡萄球菌属(Staphylococcus)的基因拷贝数的对数分别为:4.49、3.94、3.62个。(3)母猪乳中微生物的组成和结构在不同泌乳阶段差异显著(P<0.05),其多样性和相对丰度在泌乳前5天波动变化,第7天之后趋于稳定;初乳(泌乳第0~5天)中微生物的多样性低于过渡乳(泌乳第6~13天)和成熟乳(泌乳第14~21天)。(4)母猪乳微生物相对丰度与乳成分含量显著相关(P<0.05),其中:柄杆菌科(Caulobacteraceae)、假单胞菌属(Pseudomonas)、嗜胨菌属(Peptoniphilus)、肠球菌属(Enterococcus)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)和梭状芽胞杆菌属(Clostridium)等与乳糖和蛋白质含量呈正相关(0.4≤ρ<0.6),但与脂肪含量呈负相关(-0.6≤ρ<-0.4);普氏菌属(prevotella)、纤毛菌属(Leptotrichia)、p-75-a5、Weeksellaceae、梭形杆菌属(Fusobacterium)、颤螺菌属(Oscillospira)和乳杆菌属(Lactobacillus)与脂肪含量呈正相关(0.4≤ρ<0.6),但与乳糖和蛋白质含量呈负相关(-0.6≤ρ<-0.4)。(5)共有23个优势菌属间存在高度线性关系,有益菌对某些条件致病菌可能起一定的抑制作用。其中对动物健康有益的颤螺菌属(Oscillospira)、普氏菌属(prevotella)、乳杆菌属(Lactobacillus)、拟杆菌纲(Bacteroidia)等相互呈正相关,而创伤球菌属(Helcococcus)等条件致病菌与颤螺菌属(Oscillospira)、乳杆菌属(Lactobacillus)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)等有益菌属呈负相关。(6)通过PICRUSt预测母猪乳样微生物的功能基因,共得到37个基因功能家族。其中,相对丰度最高的功能基因家族分别是膜转运、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、复制和修复、翻译、能量代谢,这些功能基因家族的相对丰度在泌乳前7天内波动变化,第7天之后逐渐趋于稳定。(7)19个菌属的相对丰度变化与仔猪日增重有相关性,21个菌属的相对丰度变化与仔猪断奶重有相关性。三个有益菌属:乳杆菌属(Lactobacillus)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)和鞘脂菌属(Sphingobium)与仔猪的体重呈显著的正相关关系。综上所述,长大二元杂母猪乳中存在丰富的微生物菌群,其中某些微生物与仔猪的体重显著相关。乳中微生物的组成、多样性以及功能基因的相对丰度在不同泌乳阶段差异显著,这可能与初乳中营养成分的波动性变化有关。