随着股改的完成,控股股东的法人股逐步解禁流通,其利益与上市公司股价的联系更加紧密,终极控制人与中小股东之间的利益趋同的联盟效应将进一步增强。但是,在中国上市公司普遍存在的股权集中型公司治理模式下,终极控制人通过构建金字塔控制结构,以较少的现金投入获得了较多的控制权,使得终极控制人的控制权和现金流所有权发生分离,有足够的动机和能力谋取控制权私利。终极控制人的“利益输送”行为必将变得更加隐蔽,与股改前有显著变化。所以,只有当投资者清楚地了解上市公司的各大控股股东及其控股关系,并且追溯到最终控制人时,才能更好的分析上市公司的财务行为。以寻求解决终极控制人和其他中小投资者之间利益冲突问题的更好办法,从而更好地保护投资者利益。本文首先回顾了国内外关于终极控制人、金字塔控制结构和“利益输送”方面的研究成果,以代理理论为起点,构建金字塔控制结构下终极控制人“利益输送”的分析框架。再运用实证分析法,以我国上市公司2006年至2008年相关数据进行回归分析,重点研究终极控制人股权性质、金字塔控制结构、控制权和现金流所有权的分离三个因素与终极控制人的“利益输送”行为之间的关系。实证结果表明:终极控制人为中央政府的上市公司,其“利益输送”的总程度最小;政府终极控制的上市公司的控股股东比较倾向于通过经营性往来方式实施“利益输送”行为,自然人终极控制的上市公司的控股股东比较倾向于通过非经营性往来方式实施“利益输送”行为;自然人对上市公司的金字塔控制层级越多,控制权和现金流所有权的分离程度越大,“利益输送”行为越严重;而在中央政府终极控制的上市公司中,金字塔控制层级越少,“利益输送”行为越严重;控制权和现金流所有权的分离强化了终极控制人对上市公司的“利益输送”行为。最后,根据本文的研究结论提出了相关的政策建议,有助于国有资产管理体制的完善、有助于国家对资本市场及上市公司的管理、有助于督促上市公司构建更合理的公司治理机制、也有助于对中小投资者的保护机制的建设,促进我国资本市场的健康发展。