本研究以菏泽采集的33个牡丹品种为实验材料,CTAB裂解-硅珠吸附法提取基因组DNA,建立了SRAP-PCR扩增的最佳反应体系,利用SRAP标记构建不同品种的指纹图谱。牡丹基因组DNA的提取以CTAB裂解-硅珠吸附法为基础,比较CTAB裂解和与SDS裂解以及不同抽提方法的效果,最终确定适合牡丹基因组DNA提取纯化方法,即CTAB裂解,24:1氯仿-异戊醇抽提一次。在正交设计的基础上,得出了牡丹SRAP-PCR最佳反应体系,即25μL反应体系包括:Taq酶0.5U,Mg2+2.0mmol/L,模板DNA50ng,dNTPs0.2 mmol/L,引物0.30μmol/L。扩增程序为:94℃预变性5min;94℃变性1min,35℃复性1 min,72℃延伸1.5min,5个循环;94℃变性1min,50℃复性1min,72℃延伸1.5min,35个循环;最后72℃延伸10min,4℃保存。从648对引物组合中,筛选出16对引物组合用于检测品种的遗传多样性和指纹图谱构建。SRAP标记平均每对引物组合的谱带数和多态性带数分别为20.4个和11.2个,多态性带的比例为54.2%。表明SRAP标记是一种经济、有效和可靠的分子标记手段。引物组合Em23-Me15对33个牡丹品种进行扩增,均获得了带型丰富且清晰可辨的DNA指纹图谱。扩增片段的大小主要集中在100-1000bp范围内,33个牡丹品种的图谱各不相同,引物组合Em23-Me15能将33个品种完全分开。利用NTSYS-pc2.10统计分析软件,采用遗传相似系数UPGMA法进行对33个牡丹品种聚类分析。结果表明重瓣性低的品种与重瓣性高的品种间存在较大的遗传差异。皇冠型与托桂型品种有较近的亲缘关系。单花类和台阁类有分别聚在一起的趋势,但与牡丹花型分类不完全一致,这可能与牡丹长期引种、选择和反复杂交等导致的品种来源复杂有关。在牡丹品种分类鉴定时应综合运用各种遗传标记,将微观与宏观方法全面有序地结合起来,才能构建既实用又能准确的反映品种间的演化关系的分类系统。在本研究建立的SRAP反应体系的基础上,增加样品数量、扩大样品选择范围,建立牡丹品种标准的指纹档案,将对牡丹新品种的鉴定和国际登陆、指导新品种选育有重要意义。