长链非编码 RNA lnc-ASB1-1 在胃癌中的表达及其临床意义

来源 :宁波大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qingfengliangban
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目的:上世纪,胃癌(gastric cancer)的发病率在全球范围内均有所降低(目前胃癌发病率在所有癌症发病率中排名下降为第六位),但它的死亡率却惊人的排名第二。并且,超过半数的病例发生在发展中国家。由于人口基数庞大、经济发展欠缺,我国胃癌的发病和死亡例数均不容小觑。而邻国日本却由于内镜筛查的普及,大大提高了早期胃癌的检出率和治愈率,Ⅰ期和Ⅱ期胃癌的相对5年生存率已经超过了70%。但考虑到人口基数过大以及经济发展极不平衡这些基本国情,全国普及内镜筛查在近期内无法实现,因此亟需一项廉价、非侵入性的诊疗手段提高胃癌检出率,或可同时作为治疗靶点。
  近年来,由于各国科学家均加强了对肿瘤分子生物学的探索,已经发现非编码RNA(ncRNAs)与癌症发生发展密切相关。有研究表明,非编码RNA通过多种途径来影响肿瘤发生,例如调控转录因子、减少mRNA的翻译以及染色质的重组和修饰等等。作为重要的非编码RNA,长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)可参与多分子水平的调控,包括表观遗传、转录后修饰等。最近,lncRNA也被证实对肿瘤细胞的糖代谢有调节作用,对寻找新的目的基因提供了思路。
  本课题通过筛选出胃癌糖代谢相关的目标lncRNA,分析其生物信息相关性,继而分析目的lncRNA在胃癌组织及癌旁组织中表达水平的差异,探索目标lncRNA在胃癌组织中的表达意义和作为新兴肿瘤标志物或预后指标的可能性。
  方法:1.自2016年11月到2017年1月期间,从宁波市临床病理诊断中心总共收集了110对胃癌组织和配对的癌旁组织标本,从中选取了101对符合条件的标本进行本课题的研究。每个标本各取1cm立即浸入-80℃的RNA保存液(Bioteke公司,北京,中国)保存至使用。
  2.本研究所有标本均经组织病理学证实,肿瘤分期采用肿瘤结节转移(TNM)分期系统(第7版)。组织学分级依据国家肿瘤综合网络(NCCN)肿瘤临床实践指南(v1.2012)进行评估。
  3.首先使用了FFPE RNA Kit和Trizol两种方法提取总RNA,通过监测RNA的产量、纯度和完整性来控制RNA提取质量。使用超微量分光光度计DS-11(Denovix)检测RNA产量和纯度。最终决定采用FFPE RNA试剂盒(Omega,Norcross,GA,USA)从组织样本中提取组织总RNA,提取后立即保存在-80℃液氮或超低温冰箱中。
  4.利用GoScript逆转录(RT)系统(Promega,Madison,WI,USA)合成互补DNA(cDNA)模板。
  5.应用实时定量逆转录-聚合酶链式反应(quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,qRT-PCR)扩增cDNA模板,采用GoTaq qPCR Master Mix(Promega)在Mx3005P实时PCR(Stratagene,LaJolla,CA,USA)上进行扩增。实时PCR反应一式三份以消除随机误差,最终测序确认lnc-ASB1-1的qRT-PCR产物。
  6.通过qRT-PCR检测胃癌组织及对应的癌旁组织中lnc-ASB1-1的表达水平,分析其表达水平是否有差异性。
  7.采用SPSS18.0软件(SPSS,Chicago,IL,USA)分析lnc-ASB1-1的表达水平与临床病理因素之间的关系,使用GraphPad Prism5.0(GraphPad Software,LaJolla,CA,USA)软件绘制图形。
  8.采用SigmaPlot12.3(Systat Software,San Jose,CA,USA)构建ROC曲线,分析评估其诊断价值,包括敏感性和特异性。采用卡方检验评价统计学意义。
  结果:1.本课题组在胃癌相关lncRNA代谢芯片数据库中(GSE96856,www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE96856)筛选出高表达的lncRNAs,然后运用GO/Pathway分析阐明lncRNAs可能的功能和机制。最后,由于lnc-ASB1-1在胃癌组织和其相对应的癌旁组织中的显著的表达差异,因此将其选作为课题组的目的lncRNA。
  2.qRT-PCR结果显示,与相对应的癌旁组织相比,lnc-ASB1-1在胃癌组织中的表达水平显著增加。
  3.为了分析胃癌患者lnc-ASB1-1的表达水平与临床病理因素之间的关系,取差异倍数为2作为分割线,将差异倍数大于等于2的分为高表达组,其余分为低表达组。对临床病理资料统计分析发现lnc-ASB1-1与肿瘤大小(P=0.036)、组织癌胚抗原(CEA)表达水平(P=0.042)显著相关。
  4.通过建立ROC曲线,对lnc-ASB1-1高表达是否提示患者有潜在的胃癌风险进行诊断评估。曲线下面积(AUC)为0.71,提示lnc-ASB1-1对胃癌的诊断存在预测价值。
  结论:与正常对照组相比,lnc-ASB1-1在胃癌组织中的表达水平明显升高(上调)。lnc-ASB1-1表达水平与肿瘤大小(P=0.036)、组织癌胚抗原(CEA)表达水平(P=0.042)显著相关。由此可见,lnc-ASB1-1的表达上调在胃癌发生过程中可能具有重要意义,lnc-ASB1-1有望成为预测临床预后的新型生物标志物。
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