犬猫两种钩虫线粒体全基因组解析

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锡兰钩虫(Ancylostoma ceylanicum)和管型钩虫(A.tubaeforme)主要寄生于犬、猫和人的小肠,可引起消化不良、腹痛、腹泻和缺铁性贫血等症状,严重的可导致死亡,对公共卫生有重要影响。线粒体是钩虫体内重要的细胞器,对细胞代谢和维持内环境稳定起着重要作用。不同寄生虫线粒体基因组在其基因组成、密码子使用、排列顺序、遗传变异等方面各有不同。本论文目的是扩增犬源锡兰钩虫和猫源管型钩虫线粒体全基因组序列并分析它们的序列特征。首先,对犬源锡兰钩虫和猫源管型钩虫进行形态学和分子生物学鉴定。犬源锡兰钩虫和猫源管型钩虫分别与锡兰钩虫和管型钩虫的形态特征一致。以ITS1+序列为标记,采用犬猫钩虫通用引物AF:5’-GACTGCGGACTGCTGTAT-3’和AR:5’-AAGTTCAGCGGGTAGTCA-3’对所采集的犬源锡兰钩虫和猫源管型钩虫进行分子鉴定,结果显示其扩增片段均为404 bp,通过BLAST比对,其序列与来自中国犬的锡兰钩虫(登录号KF279132)以及美国家猫的管型钩虫(登录号JQ812691)的同源性分别为100%和99%;运用NJ法构建的进化树显示所获得的犬源钩虫与锡兰钩虫聚为一支,猫源钩虫与管型钩虫聚为一支。其次,采用普通PCR或长PCR扩增方法首次获得犬源锡兰钩虫线粒体全基因组序列。其长度为13660 bp,含有36个基因(12个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因)和3个非编码区(AT富集区、SNCR和LNCR),其碱基含量为A+T=78.35%,密码子使用偏好A和T。12个蛋白编码基因中cox1基因AT含量最低(71.39%),nad2基因AT含量最高(83.57%);主要以ATT和TTG为起始密码子,以TAA、TAG、TA和T为终止密码子。22个tRNA基因大小在54~63 bp之间,二级结构为D-loop和V-loop;rrnL和rrnS基因大小分别为960 bp和694 bp。再次,采用普通PCR或长PCR扩增方法首次获得猫源管型钩虫线粒体全基因组序列,其长度为13730 bp,含有12个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因以及2个非编码区和1个AT富集区;其碱基含量为A+T=77.78%,碱基组成偏好A和T。12个蛋白编码基因以ATT、TTG和GTG为起始密码子,以TAA、TAG、TA和T为终止密码子;其中cox1基因AT含量最低(70.9%),nad2基因最高(81.6%)。22个tRNA基因大小在52~62 bp之间,二级结构为D-loop和V-loop,rrnL和rrnS基因大小分别为958 bp和697 bp。最后,将锡兰钩虫和管型钩虫线粒体基因组与GenBank公布的十二指肠钩虫和犬钩虫进行比较分析。结果显示4种钩虫线粒体基因组均由36个基因和3段非编码区组成,其中锡兰钩虫线粒体基因组最短,管型钩虫最长。锡兰钩虫和十二指肠钩虫nad5基因最长(1579 bp),nad4L最短(234 bp),而管型钩虫和犬钩虫cox1基因最长(1578 bp)。此外,cox1基因AT含量最低(69.3%),nad2基因最高(83.57%)(犬钩虫例外)。同义和非同义替代率结果显示cox1的ka/ks值最小,nad2的ka/ks值最大。锡兰钩虫nad5和nad6基因分别以TTG和ATT作为起始密码子,而其它钩虫nad5基因的起始密码子为ATT,nad6基因为GTG或ATG。钩虫之间tRNA基因大小各异,但其反密码子相同。以12个蛋白编码基因和cox1及nad2基因构建的进化树显示,在钩口科分支内板口属与钩口属关系近;在钩口属分支内,锡兰钩虫独聚一支,犬钩虫、管型钩虫和十二指肠钩虫存在差异。以12个蛋白编码基因和cox1基因为标记时,管型钩虫和犬钩虫聚为一支;而以nad2基因为标记时,管型钩虫和十二指肠钩虫聚为一支。综上所述,本论文对犬源锡兰钩虫和猫源管型钩虫线粒体全基因组序列进行了解析,不仅丰富了钩口科线虫的线粒体基因数据库,为比较基因组学研究提供了重要资料;而且重新探讨了钩口科线虫的系统发育关系,为阐明钩口科线虫之间的遗传多样性提供了科学依据。
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