神经母细胞瘤生物信息学分析及UBE2S、RPLP1蛋白的表达研究

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背景与目的神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)是神经嵴起源的颅外实体肿瘤,是儿童期最常见的恶性实体肿瘤,占儿童癌症相关死亡的15%,尽管由于清髓治疗及免疫治疗的引入使高危组神经母细胞瘤患者的生存率已有所改善,但新的调控机制、有效治疗靶点及治疗药物仍是迫切需要发现的。本研究通过探索与神经母细胞瘤预后相关基因及信号通路,从而寻找与神经母细胞瘤相关的生物标志物及可能的新的治疗靶点,选择与其预后相关基因UBE2S、RPLP1,通过免疫组化方法验证其在神经母细胞瘤中的表达及临床意义研究,为神经母细胞瘤的治疗寻找新的治疗靶点。材料和方法下载基于cBioPortal工具收录的TARGET数据库的神经母细胞瘤数据及临床信息,利用limma包分别分析神经母细胞瘤中高危组VS低危组、高危组VS中危组、中危组VS低危组的差异表达基因(differential expression genes,DEGS);利用富集分析工具DAVID分析差异基因参与的基因本体论(Gene ontology,GO)系统和KEGG通路;结合STRING数据库构建基因相关的PPI关系对,使用Cytoscape软件进行PPI网络图构建;采用Kaplan-Meier法和Log-rank检验分析PPI网络中的基因在各个样本中的表达值与预后信息之间的关系。另外收集2016年1月至2021年11月在郑州大学第一附属医院小儿外科病区行手术治疗的34例NB患者、12例GNB患者和10例GN患者手术切除的肿瘤标本和临床资料,随访时间截止至2021年12月。将56例肿瘤组织制成组织芯片并切片,行HE染色及免疫组化操作,运用Image J软件计算高倍镜下该区域平均光密度值(Mean Optical Density),采用 Kaplan-Meier 法和 Log-rank 检验及多因素 Cox比例风险回归模型分析UBE2S蛋白、RPLP1蛋白表达水平与神经母细胞瘤患者预后间关系。研究结果1.神经母细胞瘤中高危组VS低危组、高危组VS中危组、中危组VS低危组三组差异基因共得到681个并集基因和6个显著的关键模块基因集,差异基因最显著富集于MAPK信号通路,另PPI网络包含172个蛋白节点,其中包含70个预后关键基因。2.免疫组化分析结果显示UBE2S蛋白在NB、GNB、GN三组之间表达差异具有统计学意义,在NB组中,UBE2S蛋白表达最高;RPLP1蛋白在NB、GNB、GN三组之间表达差异无统计学意义。3.免疫组化分析结果显示UBE2S蛋白在NB+GNB较GN表达高,差异具有统计学意义;RPLP1蛋白在NB+GNB和GN之间的表达差异不具有统计学意义。4.免疫组化分析结果显示UBE2S蛋白在MYCN基因扩增较无MYCN基因扩增表达高,差异具有统计学意义;RPLP1蛋白表达水平与神经母细胞瘤MYCN基因扩增状态无关。5.免疫组化分析结果显示Ⅰ期神经母细胞瘤UBE2S蛋白表达较Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期低,差异具有统计学意义;RPLP1蛋白在神经母细胞瘤不同分期间的表达差异无统计学意义。6.免疫组化分析结果显示UBE2S蛋白在不同确诊年龄的神经母细胞瘤的表达差异无统计学意义;RPLLP1蛋白与神经母细胞瘤患者确诊年龄呈负线性相关。7.免疫组化分析结果显示高危组神经母细胞瘤中术前无新辅助化疗的UBE2S蛋白表达水平较术前有新辅助化疗的高,差异具有统计学意义;RPLP1蛋白与术前有无新辅助化疗差异无统计学意义。8.免疫组化分析结果显示UBE2S蛋白表达水平、MYCN基因、危险度分层与神经母细胞瘤患者死亡风险相关,高UBE2S蛋白表达、MYCN基因扩增、高危险度分层提示预后不良;RPLP1蛋白表达水平与神经母细胞瘤预后无关。结论通过生物信息学分析我们发现,MAPK信号通路异常在神经母细胞瘤中起着重要作用,而筛选不同危险度分层所得的差异基因及与神经母细胞瘤预后相关的基因为寻找神经母细胞瘤新的生物标志物及可能的新的治疗靶点提供了参考。免疫组化分析结果显示UBE2S蛋白表达水平与神经母细胞瘤病理分型、MYCN基因扩增状态、不同分期及术前有无新辅助化疗相关,另外UBE2S蛋白表达水平与神经母细胞瘤患者死亡风险相关,其表达高提示预后不良,可能在神经母细胞瘤发生发展中发挥重要作用。
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