鸡卵细胞卵黄生成受体(VLDLR/OVR)基因多态性检测及其与鸡蛋胆固醇含量的关联性分析

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本研究以丝羽乌骨鸡为试验素材,研究与鸡蛋胆固醇含量调控相关候选基因VLDLR/OVR基因的单链核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)及其与蛋品质性状之间的关联性。首先,进行蛋品质性状测定并采用高效液相色谱法测定鸡蛋胆固醇含量,然后,提取鸡翅静脉基因组DNA,构建DNA池,依据NCBI和Ensembl数据库确定VLDLR/OVR基因5′-侧翼区的碱基序列,进行测序,对鸡VLDLR/OVR基因的遗传变异位点进行筛选。在此基础上,应用PCR-RFLP技术,对5′-侧翼区的4个SNP位点g.8355T>C、g.9511G>A、g.9815C>G、g.10428T>C进行群体遗传学分析,并用SPSS19.0分析这4个多态位点与蛋黄胆固醇含量之间的相关性,从而为低胆固醇蛋鸡品系的育种工作提供分子标记。经研究发现:1.构建了鸡翅静脉提取的基因组DNA池,进行极端性状混合DNA池测序,在5′-侧翼区中发现21个可能的多态位点。2.以极端性状混合DNA池测序结果为基础,应用PCR-RFLP技术检测5′-侧翼区的4个SNP位点g.8355T>C、g.9511G>A、g.9815C>G、g.10428T>C。测序结果表明4个SNP位点分别是T/C、G/A、C/G、T/C突变,都有2个等位基因,3种基因型。3.经卡方检验表明,g.8355T>C、g.9815C>G位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态,g.9511G>A、g.10428T>C位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。遗传多态性分析表明:g.8355T>C、g.9511G>A、g.9815C>G和g.10428T>C四个位点多态信息含量分别为:0.324、0.349、0.367和0.311,均为中度多态性位点,其中g.9815C>G位点的多态性最高,变异程度最大。总体反映了该群体具有较为丰富的遗传多样性。4.统计分析表明,丝羽乌骨鸡VLDLR/OVR基因5′-侧翼区中g.9815C>G位点与蛋重(EW)、蛋黄重(YW)显著关联(P<0.05),与蛋壳比例(ESR)极显著关联(P<0.01);g.8355T>C位点与蛋壳重(ESW)显著关联(P<0.05);但两位点对蛋黄胆固醇含量和全蛋胆固醇含量均无显著影响。g.9511G>A位点与蛋黄胆固醇含量和全蛋胆固醇含量表现为极显著关联(P<0.01),与蛋黄颜色(YC)、蛋黄重(YW)表现为显著关联(P<0.05)。对选育低胆固醇蛋鸡品系来说,G等位基因为优势等位基因,GG型为优势等位基因型。g.10428T>C位点与蛋黄胆固醇含量和全蛋胆固醇含量显著关联(P<0.05),对选育低胆固醇蛋鸡品系来说,T等位基因为优势等位基因,TT型为优势等位基因型。
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