通过对2004年2月，5月，8月，11月4个航次的调查，研究了长江河口内及其临近海域磷酸盐和总磷的分布变化特征。结果表明，磷酸盐和总磷的浓度分布都是长江河口附近高，外海低，但其最大值不在河口内，而在长江口门外。河口内磷酸盐秋、冬季浓度高，春、夏季低；总磷夏、秋季浓度高，春季和冬季低。长江口门外磷酸盐和总磷浓度分布都是冬、夏季高，春、秋季低。磷酸盐夏季浓度变化大，分层明显，冬季变化小，垂直分布均匀。总磷春季表、底层浓度接近，其余季节表层都低于底层。通过磷酸盐和总磷与盐度、悬浮体的相关关系研究表明，磷酸盐在河口转移过程中，还受到生物活动、水体垂直对流以及缓冲作用等多种因素的影响。总磷在很大程度上受颗粒磷的控制。通过长江径流量与河口内磷酸盐和总磷浓度的分析计算，提出了长江口磷输出通量方程式，得到长江口磷酸盐的输出通量为2.06×104t/a，总磷的输出通量为5.56×104t/a，其中磷酸盐的输出通量占TP的37.02％。通过对长江口的现查调查、历史资料以及相关文献的分析，定量研究了长江流域无机磷和总磷的主要来源，包括降水、农业非点源(化肥和土壤)磷流失、点源污水(工业废水和生活污水)排放、城镇径流磷排放和流动源污水排磷，各种来源的分配途径以及分配比例，计算结果得到长江流域总磷的输入通量为23.72×104t/a，无机磷为7.30×104t/a。其中生活污水中无机磷排放总量为27346.53t/a，总磷的排放总量为41399.60t/a。全流域工业废水中总磷的排放量为30364.88t/a，无机磷为12145.95t/a。长江流域点源排污无机磷的输入总量中，上、中、下游各占32.01％、32.61％和35.37％，总磷的输入总量中，上、中、下游各占32.56％、32.44％和35.01％。由降水输入总磷通量为15063t/a，无机磷输入通量为3765.8t/a，占总磷的25％。长江流域降水中的无机磷主要来自上游和中游，它们分别占全流域降水的42.89％和43.72％，下游占13.39％。全流域化肥磷和土壤流失总磷为149095.21t/a，无机磷为28991.35t/a，其中上游磷流失最多，总磷和无机磷分别占全流域的60.63％和50.34％。由城镇径流输入长江的无机磷为710.49t/a，总磷为1256.39t/a。各类船舶生活污水排放总磷为2.56t/a，无机磷输入通量为1.69t/a。由于磷在输送途中不断的沉积在地表或河流底部，并被水体中浮游生物，颗粒悬浮体等吸收转移作用的影响，长江口无机磷的输出通量仅占长江流域输入通量的28.22％。在各种来源的输入通量中，由农业非点源排入长江的总磷占总输入通量的62.86％，无机磷占长江输入通量的39.74％；生活污水排放的总磷和无机磷分别占长江输入通量的37.47％和17.45％，二者是长江口高含量磷的主要来源。工业废水磷的排放是长江磷的另外一大来源，其总磷和无机磷分别占长江输入通量的12.80％和16.65％。其次是降水输入，总磷和无机磷分别占6.35％和5.17％。城镇径流和流动污染所占比例很少。从而得到农业非点源污染磷流失、生活污水和工业废水磷的排放是长江口磷的主要来源。本论文通过对长江口各种形式的磷的分布变化，迁移规律和输送通量的研究，定量估算长江口无机磷和总磷的主要来源和控制因素，并回答了长江口磷含量增加的主要原因等，为定量研究长江流域和长江口磷循环及营养盐的生物地球化学提供新的重要依据和方法、路线。因此本研究具有重要的学术和科学价值。长江三角洲是我国最重要的沿海经济发展区和政治、经济、文化中心之一，由于营养盐的大量增加，使长江口面临着日益严重的水域富营养化和环境污染，赤潮频繁发生和资源衰竭等，已经直接制约了其可持续发展，本研究得到的一些结论为长江流域和长江口的环境管理和保护提供了可靠依据，对防止环境污染和水域富营养化具有指导意义，为实现生态系统的可持续发展提供参考。因此本研究还具有重要的社会和环境效益以及潜在的经济效益。